Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

Ce projet étudie les mécanismes structuraux impliqués dans le rejet de greffe en analysant les molécules HLA. Il propose une base de données centralisant des données publiques et générées par le projet, ainsi qu'une interface web pour visualiser en 3D les structures et simulations moléculaires de ces molécules. L'objectif est d'aider les chercheurs et cliniciens à mieux comprendre les interactions entre molécules HLA et leur impact sur les greffes.

Kekule.js est une bibliothèque JavaScript dédiée à la manipulation, la visualisation et l'analyse de structures chimiques. Elle permet aux chercheurs et développeurs de créer, éditer et convertir des molécules, des réactions et des données chimiques dans divers formats standards. L'outil facilite l'intégration de fonctionnalités chimiques avancées dans des applications web ou des environnements de recherche.

Application web Django gérant la base de données iPPI-DB, contenant des informations sur les interactions moléculaires. Permet la visualisation et l'analyse de données moléculaires, ainsi que la recherche de molécules d'intérêt.

Getwatchan est un outil logiciel conçu pour identifier et analyser les canaux d'eau dans les simulations moléculaires dynamiques explicites. Il permet aux chercheurs en biologie structurale ou en bioinformatique d'isoler et de visualiser les chemins potentiels empruntés par les molécules d'eau au sein de structures protéiques. L'outil génère des fichiers de sortie exploitables pour étudier la dynamique des canaux hydriques, essentiels à la compréhension des mécanismes de transport dans les macromolécules biologiques.

G_covsel est un projet dédié à la sélection de couvertures pour la modélisation moléculaire. Il permet la gestion de bases de données de molécules et la visualisation de résultats de simulations.

MaxPlot est un outil spécialisé dans l'analyse et la visualisation de données dose-réponse pour des molécules biologiques. Il permet de générer des courbes de réponse avec intervalles de confiance, d'évaluer la distribution des données, de réaliser des tests statistiques (normalité, variance, ANOVA) et de comparer les EC50 (concentration efficace médiane) entre différentes molécules. Les résultats sont présentés sous forme de graphiques et de rapports détaillés pour faciliter l'interprétation des données expérimentales.

Ce script R permet d'analyser des jeux de données issus d'essais de germination de graines parasites. Il modélise les courbes dose-réponse pour déterminer la concentration efficace à 50% (EC50) et le pourcentage maximal de germination en réponse à différentes molécules. Les résultats sont compilés dans un tableau et des graphiques sont générés pour visualiser les modèles. Le script est conçu pour traiter des données issues de logiciels comme Omega ou des fichiers formatés manuellement.

Plugin dédié à l'édition et à la visualisation de structures chimiques pour des éditeurs de texte ou des plateformes web. Il permet aux utilisateurs de créer, modifier et exporter des représentations graphiques de molécules directement dans leur environnement de travail habituel. Idéal pour les chercheurs, enseignants ou professionnels de la chimie.

Ce projet propose un carnet Jupyter permettant d'analyser des structures secondaires d'ARN en utilisant le package Vienna RNA. Il permet de visualiser les interactions entre molécules d'ARN, de simuler des mutations sur des séquences d'ARN et de tester différents scénarios d'évolution.