Decomics est une application interactive dédiée à l'analyse et à la déconvolution de données omics (transcriptomique, métabolomique, etc.). Elle permet aux chercheurs et biologistes de décomposer des échantillons complexes en sous-populations cellulaires ou moléculaires, facilitant ainsi l'interprétation des résultats expérimentaux. L'outil propose des méthodes non supervisées et des visualisations dynamiques pour explorer les données biologiques.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) pour identifier les gènes dont l'expression est modifiée entre différentes conditions biologiques. Permet aux chercheurs en biologie computationnelle et en génomique de traiter des tableaux d'expression génique, de générer des visualisations statistiques et de produire des rapports automatisés pour faciliter l'interprétation des résultats expérimentaux.

Ateliers Codons est une plateforme dédiée à la visualisation et l'analyse de données biologiques. Elle permet aux utilisateurs de proposer des jeux de données pour des défis de visualisation, de partager les résultats de leurs analyses et de collaborer sur des projets de recherche.

Outil open source dédié à la modélisation et à la simulation de processus cellulaires complexes. Permet aux chercheurs et scientifiques de simuler des interactions biologiques, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats pour accélérer les découvertes en biologie cellulaire et en médecine.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse rapide et précise d'enrichissement de gènes (GSEA) pour des ensembles de données biologiques. Il permet d'identifier et de visualiser les voies biologiques significativement enrichies dans une liste de gènes classés, facilitant ainsi l'interprétation des résultats expérimentaux en génomique et biologie des systèmes.

JFree Chart est une bibliothèque dédiée à la création et à la visualisation de graphiques dans le domaine de l'analyse d'images biologiques. Intégrée au logiciel Icy, elle permet aux chercheurs et scientifiques de générer des représentations graphiques précises et personnalisables pour leurs données expérimentales. Utilisée principalement en imagerie médicale et biologique, elle facilite l'interprétation visuelle des résultats et soutient les travaux de recherche en biologie cellulaire et moléculaire.

Outil bioinformatique dédié à l'analyse des réseaux de co-expression de gènes (WGCNA). Il permet aux chercheurs en biologie et en génomique d'identifier des modules de gènes corrélés, d'étudier leurs relations fonctionnelles et de visualiser les résultats sous forme de réseaux. Utilisé principalement en recherche médicale et en biologie systémique pour comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents à des maladies ou des processus biologiques.

Nf_column_reordering est un pipeline Nextflow conçu pour réorganiser et analyser des colonnes de données biologiques, notamment dans le cadre de séquences génétiques. Il permet d'automatiser des workflows complexes pour le traitement de données issues de recherches en biologie moléculaire, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des résultats. Développé à l'Institut Pasteur, il s'intègre dans des environnements de calcul intensif pour optimiser les processus de recherche.

EVIVALDI est un outil de simulation dédié à l'étude des systèmes microbiens et biologiques. Il permet de modéliser des processus complexes, d'analyser des données expérimentales et de visualiser les résultats de manière interactive. Le projet est particulièrement utile pour les chercheurs et les biologistes souhaitant comprendre et prédire le comportement de systèmes microbiens dans divers environnements.