Outil dédié à la représentation graphique de réseaux métaboliques, notamment les voies métaboliques. Il permet d'organiser et de dessiner des graphes bipartites composés de métabolites et de réactions, en tenant compte des réactions réversibles et des composés secondaires comme l'ATP ou l'eau. Le projet génère des positions optimisées pour les nœuds afin de faciliter la visualisation et l'analyse des interactions biochimiques.

MetExplore 3 Java est une plateforme dédiée à l'analyse et à l'exploration des réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de charger, visualiser et analyser des données issues de bases de données biologiques comme KEGG ou ChEBI. L'outil facilite l'intégration de réseaux métaboliques, la comparaison de voies métaboliques et la gestion de collections de données pour des études en métabolomique et biologie des systèmes.

Ce projet est une bibliothèque de composants web open source dédiée à la visualisation et à l'analyse de données biologiques issues de mappings métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes de générer des rapports graphiques interactifs pour explorer les enrichissements, les réactions et les voies métaboliques, facilitant ainsi l'interprétation des résultats d'études génomiques ou métabolomiques.

Outil dédié à l'analyse de données de séquençage ARN (RNA-Seq) pour identifier les gènes dont l'expression varie significativement entre des conditions biologiques. Il génère des rapports détaillés, des visualisations (PCA, heatmaps, volcano plots) et des scores d'activation pour des ensembles de gènes. Permet également l'enrichissement fonctionnel et l'analyse des voies métaboliques via des bases de données spécialisées comme KEGG ou MSigDB.

PathModel est un outil d'inférence de voies métaboliques qui permet de déduire des voies métaboliques à partir de données brutes, en utilisant des algorithmes d'inférence ab initio. Il offre également des fonctionnalités de visualisation des réseaux métaboliques et d'identification des réactions clés dans ces voies.

MetExploreViz 4 est une bibliothèque Vue dédiée à la visualisation de réseaux métaboliques. Elle permet aux chercheurs et biologistes de manipuler des réseaux sous forme de graphes, d'appliquer des styles personnalisés, de cartographier des données omiques et de partager leurs résultats via des liens HTML. Intégrée à l'écosystème MetExplore 3, elle facilite l'analyse et la compréhension des voies métaboliques.

Outil permettant de transformer des fichiers SBML (Systems Biology Markup Language) en format JSON compatible avec des outils de visualisation de réseaux métaboliques comme MetExploreViz. Il facilite l'analyse et la représentation graphique des voies métaboliques pour les biologistes et bioinformaticiens, en automatisant la conversion des données et en générant des structures exploitables par des logiciels spécialisés.

Metabograph est une bibliothèque Python conçue pour générer des réseaux métaboliques à partir de données BioPAX, notamment issues de la base Reactome. Elle permet de créer des graphes de voies biologiques pour des espèces spécifiques, facilitant ainsi l'analyse et la visualisation des interactions moléculaires. Les graphes générés peuvent être utilisés pour des applications variées comme l'entraînement de réseaux de neurones graphiques ou l'export vers des outils de visualisation comme Gephi.

MetExploreViz4 est un outil en ligne dédié à la visualisation et à l'analyse des réseaux métaboliques. Il permet aux chercheurs et biologistes d'explorer, analyser et interpréter des données biologiques complexes à travers des interfaces interactives et modulaires. L'outil facilite la compréhension des interactions moléculaires et des voies métaboliques, aidant ainsi à la recherche en bioinformatique et en biologie systémique.

Outil d'analyse comparative d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA) permettant aux chercheurs en biologie et bioinformatique de comparer des résultats d'analyses transcriptomiques. Il facilite l'interprétation biologique des données en identifiant les voies métaboliques ou fonctionnelles significativement enrichies dans des listes de gènes. L'application Shiny offre une interface interactive pour visualiser et analyser ces données.