Binette est un outil de réféinement de bins conçu pour construire des MAGs de haute qualité à partir de l'output de plusieurs outils de binning. Il effectue des opérations ensemblistes de base sur les bins qui se chevauchent pour créer de nouveaux bins, tels que des bins d'intersection, de différence et d'union. Binette utilise CheckM2 pour évaluer la qualité des bins et sélectionner les meilleurs bins possibles.

PlantScan3D est un logiciel open source dédié à la reconstruction en trois dimensions de l'architecture des plantes à partir de scans laser. Il permet aux chercheurs, agronomes et botanistes de modéliser et analyser la structure des végétaux pour des études scientifiques ou agronomiques. L'outil facilite la visualisation et l'interprétation des données issues de mesures laser, offrant une solution précise et adaptée aux besoins de la recherche végétale.

Ce projet est une action GitHub permettant de construire et de publier des packages logiciels sur une repository Anaconda. Il a été développé pour le projet OpenAlea et s'inspire d'autres projets existants. Il permet de vérifier la présence d'un fichier meta.yml, de configurer un environnement Conda avec une version spécifique de Python, d'installer les packages nécessaires à la construction et à la publication, de construire le package avec conda build et de l'uploader sur un dépôt Anaconda à l'aide d'un token.

Ce projet vise à fournir une formation en ligne sur la programmation en Python et l'analyse de données. Les modules couvrent les bases de la programmation, la manipulation de données avec la bibliothèque Pandas, les statistiques descriptives et inférentielles, les modèles avancés de régressions et clustering, et la collecte de données sur internet et l'utilisation d'API.

Ce projet est une formation à l'initiation de la programmation Python pour des doctorants en sciences humaines et sociales. Il vise à présenter les principaux ingrédients du langage Python, sa syntaxe, les blocs qui constituent un script, et les bonnes pratiques de programmation. Le projet aborde également l'utilisation de bibliothèques pour le traitement de données, la manipulation de tableaux de données avec Pandas, et le traitement de données textuelles et résumé.

Gallery est une plateforme dédiée à la documentation et à la présentation de projets logiciels open source, notamment ceux développés dans le cadre du projet OpenAlea. Elle permet aux contributeurs de partager des ressources techniques, des tutoriels et des exemples de code, facilitant ainsi la collaboration et l'apprentissage au sein de la communauté scientifique et technique.

Projet d'indexation automatique de documents à l'aide de l'intelligence artificielle. Il permet de rechercher des mots-clés dans des textes, de catégoriser des documents selon des thèmes et d'extraire des informations à partir de textes.

Ce projet est une formation proposant une initiation à la programmation Python pour des doctorants en sciences humaines et sociales, pensée pour les usages en SHS. Python est un langage de programmation simple, libre, multi-plateforme, pédagogique, bénéficiant d'une communauté d'utilisateurs croissante. La formation permet de réaliser les traitements statistiques habituels des SHS tout en ouvrant aux nouveaux usages liés à l'automatisation des tâches informatiques, le traitement des grands corpus des humanités numériques ou encore la collecte de données sur les réseaux sociaux.

Scipack est un ensemble de wrappers de packages Python standardisés, conçu pour être utilisé avec Visualea, une application de programmation visuelle. Il vise à simplifier l'intégration et la réutilisation de bibliothèques scientifiques dans des workflows de recherche ou d'ingénierie. Le projet s'adresse principalement aux scientifiques, ingénieurs et développeurs travaillant dans des domaines nécessitant des calculs avancés ou des analyses de données.

Bibliothèque open source dédiée à l'analyse statistique et à la modélisation de données. Elle permet de manipuler des distributions, des mélanges de lois, des chaînes de Markov et des processus paramétriques. Utilisée pour l'exploration de données, la validation de modèles et la génération de simulations, elle s'intègre dans des workflows d'analyse avancée pour des applications variées en recherche et industrie.