MSAshrink est un outil en ligne de commande conçu pour réduire la taille d'un alignement multiple de séquences (MSA) en supprimant les résidus inutiles (comme les gaps ou caractères inconnus) tout en conservant un maximum de données utiles. Il permet de filtrer les séquences et les colonnes selon des seuils définis, optimisant ainsi l'analyse des données génomiques ou protéomiques. L'outil propose également une méthode pour maximiser le contenu utile des résidus restants.