InteGraal est une plateforme open source dédiée à la gestion et au raisonnement sur des bases de connaissances exprimées en logique. Elle permet d'analyser, de manipuler et d'évaluer des règles logiques, des faits et des requêtes pour automatiser des processus de déduction et de vérification. Utilisée dans des contextes académiques et industriels, elle facilite l'intégration de moteurs de raisonnement dans des applications variées.

Outil open source dédié à l'évaluation et au benchmarking de moteurs de raisonnement logique et de systèmes de règles. Il permet de comparer les performances de différents systèmes de gestion de connaissances (ontologies, bases de données déductives) en simulant des charges de travail variées. Utilisé principalement par des chercheurs et développeurs en intelligence artificielle pour valider l'efficacité de leurs solutions.

Le projet po2manager est une application dédiée à la gestion de données ontologiques. Il permet la création, l'édition et la validation de concepts et propriétés selon le standard SHACL. L'importation et l'exportation de données sont également possibles dans différents formats.

Ce projet est un plugin destiné à améliorer la conception de plugins pour l'environnement de programmation visuelle CaseInE. Il offre des fonctionnalités de synchronisation avec CaseInE pour le designer, de génération de tests pour les programmes CaseInE et d'intégration avec d'autres outils de développement pour CaseInE.

AlienDiscover est un programme en ligne de commande écrit en Java qui infère rapidement une ou plusieurs séquences d'oligonucléotides exogènes à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) en utilisant des lectures d'Illumina. Il s'agit d'une alternative à l'outil Minion du suite Kraken.

AlienTrimmer est un outil en ligne de commande conçu pour filtrer rapidement les bases non fiables et les séquences d'oligonucléotides étrangers (comme les adaptateurs, amorces ou barcodes) dans les données de séquençage. Il améliore la qualité des lectures en supprimant les régions problématiques en 5' et 3', tout en optimisant les performances pour les données Illumina et nanopore. L'outil est largement utilisé en bioinformatique pour préparer les données avant l'analyse génomique.

BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Outil bioinformatique conçu pour identifier et traduire les cadres de lecture ouverts (ORF) dans des séquences nucléotidiques. Il permet de maximiser la traduction des régions non-stop d'un génome tout en minimisant le chevauchement des ORF. Utilisable sur tout type de génomes (bactéries, virus, eucaryotes), il facilite les analyses comparatives de séquences génétiques via des comparaisons de codons ou d'acides aminés.

Ce projet est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, qui fournit un moteur d'exécution Graal.js. Il permet d'étendre les fonctionnalités du logiciel en utilisant du code JavaScript et de bénéficier de la performance de Graal.js pour l'analyse d'images.

HCAP est un programme en ligne de commande écrit en Java permettant de recadrer les lectures de séquençage à haut débit en observant une composition homogène des bases sur l'ensemble des positions. Bien que cette étape de prétraitement ne soit généralement pas requise, HCAP a été développé pour gérer les compositions inattendument biaisées qui peuvent être parfois observées aux extrémités 5' et/ou 3' (voir par exemple ici).