DNAnnot
Notoriété 10 %
Ce projet est un workflow d'annotation structurale automatique des génomes écrit en Snakemake. Il utilise deux outils pour l'annotation : BRAKER et AUGUSTUS. Les éléments répétitifs du génome sont masqués avant l'annotation. Ce workflow peut également effectuer un assemblage d'Illumina avec ABySS en utilisant différentes valeurs de k-mer.
Dépôt de code
Cas d'utilisation métiers
- Prédiction de séquences de gènes dans les génomes : rechercher des initiatives proches
- Amélioration de l'annotation de petites séquences codantes avec peu ou sans intron : rechercher des initiatives proches
- Annotation de gènes basée sur les données RNA-Seq : rechercher des initiatives proches
- Masquage des éléments répétitifs dans les génomes : rechercher des initiatives proches
Cas d'utilisation fonctionnel
Organisation
- Institut de recherche pour le développement (organisation rattachée)
Description générée le mardi 19 mars 2024 à 22:38:45
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