Le site web de l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD) présente ses missions, actions et actualités scientifiques. Il vise à partager les connaissances produites par ses chercheurs dans plus de 50 pays, notamment en Afrique, Amérique latine, Asie et Pacifique. L'IRD met la science au service de l'action pour répondre aux défis globaux et favoriser un développement durable et équitable.

AnnotationYoPe est un outil d'annotation de séquences biologiques utilisant la méthode EggNOG. Il permet l'analyse de séquences, la classification d'organismes et la recherche d'homologies de gènes.

GeVarLi est un pipeline Snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traceable pour l'assemblage de génomes et la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et d'autres virus, utilisant les bibliothèques COVIDSeq™ de courtes séquences Illumina Inc.

Le projet culebront_pipeline est dédié à l'assemblage et l'analyse de génomes à partir de lectures longues. Il offre des fonctionnalités d'analyse et de visualisation de données génomiques, permettant une meilleure compréhension des données et facilitant la prise de décision dans le domaine de la génomique.

Ce projet est un workflow d'annotation structurale automatique des génomes écrit en Snakemake. Il utilise deux outils pour l'annotation : BRAKER et AUGUSTUS. Les éléments répétitifs du génome sont masqués avant l'annotation. Ce workflow peut également effectuer un assemblage d'Illumina avec ABySS en utilisant différentes valeurs de k-mer.

Frangipane est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données biologiques, offrant une gestion simplifiée des workflows de recherche. Il permet aux scientifiques d'accélérer et d'optimiser leurs processus de recherche en fournissant des fonctionnalités d'analyse avancées et de visualisation claire et interactive.

GeVarLi est un pipeline snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traçable utilisé pour l'assemblage de génomes et la surveillance de variants de SARS-CoV-2 et d'autres virus à l'aide de bibliothèques de séquençage COVIDSeq® Illumina Inc. short reads.

RattleSNP est un projet dédié à l'analyse de données génomiques, proposant un workflow snakemake pour le mapping de données simples ou appariées. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données biologiques grâce à matplotlib et tabulate, ainsi qu'une gestion optimisée des dépendances grâce à biopython, numpy et pandas.

RNAja est un pipeline écrit en snakemake permettant d'analyser des données RNAseq, de réaliser des analyses différentielles d'expression en utilisant plusieurs mappeurs et compteurs. RNAja est le seul pipeline capable de comparer les effets des méthodes sur les gènes différentiellement exprimés.

Snakecdysis est un projet conçu pour simplifier l'installation et l'utilisation des workflows Snakemake, y compris les différents packages Python et les outils utilisés par les pipelines. Il offre des commandes et sous-commandes conviviales pour faciliter l'utilisation des workflows, même pour les utilisateurs non-bioinformaticiens.