TFscope est une approche d'apprentissage automatique conçue pour analyser systématiquement les caractéristiques de l'ADN expliquant les différences de liaison observées entre deux expériences de ChIP-seq. Elle cible les mêmes facteurs de transcription dans des contextes cellulaires distincts ou des paralogues, en examinant les motifs centraux, l'environnement nucléotidique autour des sites de liaison et la présence de motifs de co-facteurs. L'outil identifie les principales caractéristiques génomiques contribuant à ces différences et quantifie leur impact.