Phenomenal est une bibliothèque logicielle open source automatisée pour la reconstruction et l'analyse 3D des systèmes de tiges de plantes à partir d'images pour la phénotypage végétal basé sur l'image. Il est conçu pour être entièrement automatisé, flexible et adapté à une large gamme d'espèces végétales.

PhenoTrack3D est un pipeline automatisé de phénotypage à haut débit permettant de suivre la croissance des organes des plantes de maïs dans une série temporelle de reconstructions 3D. Ces reconstructions 3D peuvent être obtenues à partir d'ensembles d'images RGB avec le pipeline Phenomenal.

Cette bibliothèque d'imagerie permet la détection et le suivi de la position des oreilles sur les plants de maïs, facilitant ainsi l'analyse de leur croissance et l'aide à la prise de décision pour l'entretien des cultures.

Ce projet permet de détecter des comptes Twitter inactifs dans un réseau donné en se basant sur certaines caractéristiques telles qu'un nombre limité de tweets, un ratio followers/amis élevé et une date de création postérieure à une date donnée. Les comptes détectés sont stockés dans une base de données MongoDB.

Outil d'analyse de séquences biologiques permettant le calcul de distances, l'alignement de séquences et la modélisation de marques de points.

Deepberry est un projet de segmentation et de suivi temporel de baies de vigne, permettant l'analyse de leur croissance et la détection de maladies. Il est basé sur des algorithmes de machine learning et d'apprentissage profond.

Ce projet est un workflow d'annotation structurale automatique des génomes écrit en Snakemake. Il utilise deux outils pour l'annotation : BRAKER et AUGUSTUS. Les éléments répétitifs du génome sont masqués avant l'annotation. Ce workflow peut également effectuer un assemblage d'Illumina avec ABySS en utilisant différentes valeurs de k-mer.

EffiCAZ is a tool for annotating pathogenicity factors in fungi, including effectors and cazymes. It uses machine learning algorithms to predict the function of these factors and provide insights into the mechanisms of fungal pathogenicity.

Outil d'analyse de fractales en 3D appliqué à l'étude de la répartition de la lumière. Il permet de calculer des projections fractales et d'effectuer des estimations.

PodiumASM est une pipeline Snakemake open-source, évolutive, modulable et traçable, conçue pour comparer plusieurs assemblages de génomes à longues lectures obtenus à partir de divers outils d'assemblage. Ce workflow permet de choisir le meilleur assemblage parmi toutes les possibilités.