Interface entre R et le service de routage basé sur OpenStreetMap, OSRM. Permet le calcul d'itinéraires, de trajets, d'isochrones et de matrices de distances (temps et distances kilométriques) en utilisant un service OSRM en cours d'exécution.

Ce projet est un support de formation sur Git, utilisant la bibliothèque JavaScript RevealJS pour créer des présentations. Il contient des diapositives sur le plan de la formation et des sessions détaillées, hébergées sur GitLab Pages.

Le package R gustave est un outil pour l'estimation de variance dans les enquêtes. Il fournit des estimateurs standard ainsi que des fonctions pour créer des wrappers personnalisés pour l'estimation de variance, où les opérations systématiques telles que la linéarisation de la statistique et l'estimation de domaine sont gérées de manière cohérente et transparente.

MetagWGS est une pipeline d'analyse bioinformatique utilisant Nextflow pour le séquençage de génomes métagénomiques entiers. Il traite les données raw .fastq/.fastq.gz et/ou des assemblies (contigs) .fa/.fasta. Les modules du workflow comprennent le nettoyage et le filtrage des séquences, l'assemblage, l'annotation structurale et fonctionnelle des gènes.

FAIDARE est une application web qui fournit des services basés sur le standard BrAPI et une interface web conviviale pour faciliter l'accès aux jeux de données agronomiques à partir d'une fédération de sources.

Ce projet est une formation et un accompagnement au Calcul, au Cloud et à Kubernetes, qui se déroule à Sète en 2023. Il a pour but de présenter les possibilités offertes par les images Singularity et de fournir des tutoriels pour l'installation, la création et l'utilisation de ces images. Il aborde également l'utilisation de Conda dans un container Singularity et la création d'image pour exécuter du code MPI.

Ce projet est une formation pour apprendre à utiliser le cluster Meso@LR. Il contient des liens utiles, une documentation pour les utilisateurs, des formulaires pour créer un compte, et des exercices pour s'entraîner à utiliser Slurm.

Ce projet est une formation pratique sur le text-mining et la reconnaissance d'entités nommées (REN) à partir de textes scientifiques. Les participants apprennent à utiliser AlvisNLP, un outil de composition de workflows en text-mining développé par l'équipe Bibliome de l'unité MaIAGE, pour effectuer une première approche de l'application de text-mining. La formation s'adresse à des chercheurs et ingénieurs en informatique ou en maths-info-stats appliquées ou en bioinformatique.

Le projet GAEV a pour objectif de créer une preuve de concept (POC) d'une infrastructure logicielle permettant de gérer des environnements virtuels pour des applications scientifiques. Il facilite la mise à disposition d'applications scientifiques préinstallées et configurées, et s'inscrit dans une démarche qualité de science ouverte pour le partage et la reproductibilité.

Ce projet gère des ontologies pour le phénotypage végétal, permettant de stocker des observations variables dans des référentiels normalisés et structurés. Il facilite l'accès et l'utilisation de ces ontologies pour la caractérisation de différentes espèces végétales.