D-GENIES est un outil d'analyse de génomes permettant la comparaison de séquences et la visualisation d'alignements de génomes entiers. Il est basé sur le logiciel minimap2 et offre une interface interactive pour zoomer et télécharger différents fichiers d'image, d'alignement ou de séquences. D-GENIES est open source et disponible en installation locale.

Allmine est un outil de gestion de projets et de tâches personnelles. Il permet de s'organiser, de suivre l'avancement de ses projets et de collaborer avec d'autres personnes. Il offre une interface simple et intuitive pour gérer ses tâches et ses projets.

ArbocartoR est une interface utilisateur développée par Cirad dans le cadre du projet H2020 MOOD. Cet outil permet de simuler et d'explorer les dynamiques de populations de moustiques Aedes (albopictus et aegypti) dans différents environnements et la dynamique de transmission de trois arbovirus : dengue, zika, chikungunya. Il fournit également des indicateurs clés pour soutenir le processus décisionnel dans la mise en œuvre de la surveillance et du contrôle.

Ce package R permet de récupérer et d'analyser des statistiques pour des documents sur la plateforme Hal science, un dépôt d'archives ouvertes pour les instituts de recherche français. Il a été conçu pour analyser les publications du portail Management of Diadromous Fish in their Environment, mais il peut être utilisé pour analyser n'importe quel autre portail Hal.

Documentation HTML sur la gestion des données à l'UREP, compilée avec bookdown et hébergée sur GitLab Pages.

Le package R CassiopeeR est un wrapper pour la bibliothèque de calcul JalHyd utilisée dans le logiciel Cassiopee. Il permet de réaliser des calculs pour la conception d'ouvrages de franchissement piscicole et des outils hydrauliques utiles pour l'ingénierie environnementale et agricole.

Ce projet vise à fournir des jeux de données simulés pour les expériences de terrain menées dans le cadre du projet SUNRISE. Il permet aux chercheurs en écologie de caractériser des sites expérimentaux et d'analyser des données environnementales.

Le Portail Calcul Scientifique est un outil proposé par le pôle Num4Sci de la DipsSO - INRAE, qui répond à la question où sont les ressources de calcul, sous quelles conditions y accède-t-on et quelles sont leurs caractéristiques. Il se décline en deux parties : documentation et glossaire pour assimiler les notions indispensables à la compréhension du calcul scientifique, et outil d'aide à la décision dans le choix d'une ressource en fonction des besoins et du profil de l'utilisateur.

Le package R FlywayNet permet d'inférer la structure des réseaux de voies de migration aviaire à partir de données de comptages observés. Il implémente un modèle caché semi-Markov (HSMM) qui tient compte de la dynamique temporelle et spatiale des migrations aviaires.

Ce projet est un tutoriel en ligne pour apprendre à utiliser Git et Forgemia. Il permet aux utilisateurs de découvrir et de s'exercer à l'utilisation de ces outils à leur propre rythme.