Libmass est une bibliothèque statique C++ dédiée aux fonctionnalités non-GUI de msXpertSuite/massXpert2 et msXpertSuite/mineXpert2. Elle offre des fonctionnalités principales telles que la gestion des isotopes, des données isotopiques, des formules chimiques et des modifications moléculaires.

OneNet est un outil permettant l'inférence de réseaux de consensus à partir de données de microbiomes. Il permet de simuler des données de microbiomes et d'y appliquer différentes méthodes d'inférence de clusters. Les résultats sont stockés dans des fichiers RDS et RData.

Ensemble d'outils utiles pour la spectrométrie de masse et la protéomique, utilisés par l'équipe PAPPSO (http://pappso.inra.fr/). Il permet de générer des tables d'ions à partir de peptides, des dessins SVG de spectres de masse annotés, le calcul des rapports d'intensité attendus des isotopes à partir d'un peptide, etc.

Tabix is a set of tools for working with VCF files, written in Perl and C++. It is used for manipulating, compressing, and indexing genomic data in genetics research.