GeVarLi est un pipeline Snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traceable pour l'assemblage de génomes et la surveillance des variants du SARS-CoV-2 et d'autres virus, utilisant les bibliothèques COVIDSeq™ de courtes séquences Illumina Inc.

GeVarLi est un pipeline snakemake FAIR, open-source, scalable, modulable et traçable utilisé pour l'assemblage de génomes et la surveillance de variants de SARS-CoV-2 et d'autres virus à l'aide de bibliothèques de séquençage COVIDSeq® Illumina Inc. short reads.

Fasta-box est un ensemble d'outils permettant de compter, fusionner, diviser, remplacer et convertir des fichiers FASTA et FASTQ. Il est compatible avec plusieurs systèmes d'exploitation et peut être utilisé en ligne de commande.

SLAM (SLURM Lightweight Automated Manager) est un script Bash qui permet de générer des soumissions SLURM pour un cluster HPC. Il offre des fonctionnalités telles que la validation des entrées utilisateur, la génération dynamique de scripts SLURM, la gestion des erreurs, le nettoyage des répertoires temporaires et la documentation interne.