This project is a repository that compares long-reads metagenomic assemblers and analyzes metagenomic data. It includes scripts to check the quality of the reads, fetch the sequencer used, assemble metagenomes using different tools, polish the assemblies, calculate the coverage, and check the quality of the assemblies. The pipeline is defined using Snakemake and can be run on a cluster with slurm and conda support.

DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

Alpi est un script Perl qui aide les utilisateurs à installer localement le logiciel ALPAGE. Il peut également être utilisé pour installer une chaîne de traitement de langage naturel complète pour le français, y compris DyALog, FRMG, lefff, lefff-frmg et sxpipe. Un serveur de parseur est également installé.

Bundle-ATOLL is a collection of Perl modules used to install and run the ALPAGE Linguistic Processing chain. It includes modules for managing configuration files, database management, data comparison, and manipulation, and interfacing with internet servers and TCP ports.

Corpus_proc est un ensemble de scripts Perl conçus pour exécuter un parseur sur plusieurs machines et traiter les résultats. Il permet d'extraire des informations à partir de corpus textuels, d'effectuer une analyse automatisée de langage naturel et de générer des rapports de traitement.

Parserd est un ensemble de scripts Perl permettant de mettre en place un serveur d'analyseurs syntaxiques pour le français. Il fournit des clients web CGI pour l'affichage graphique des forêts partagées et un script pour exécuter des phrases via le serveur d'analyseurs.

Le projet Scribo est un outil d'assistance à l'écriture qui fournit une vérification orthographique et propose des tags pertinents pour améliorer la qualité et la découvrabilité des contenus rédigés.