D-GENIES est un outil d'analyse de génomes permettant la comparaison de séquences et la visualisation d'alignements de génomes entiers. Il est basé sur le logiciel minimap2 et offre une interface interactive pour zoomer et télécharger différents fichiers d'image, d'alignement ou de séquences. D-GENIES est open source et disponible en installation locale.

Le projet esfc est une application web dédiée à la gestion et l'analyse de données piscicoles. Il permet de saisir, stocker et analyser des informations sur les poissons, leurs caractéristiques, leur croissance et les campagnes de pêche. Il offre des fonctionnalités de visualisation de données, de calcul de statistiques et de génération de rapports.

Le projet irrig est une ontologie spécifique dédiée à l'expérimentation en irrigation à Irstea, centre de Clermont Ferrand. Il fournit des données et des informations essentielles pour soutenir l'expérimentation dans ce domaine.

Allmine est un outil de gestion de projets et de tâches personnelles. Il permet de s'organiser, de suivre l'avancement de ses projets et de collaborer avec d'autres personnes. Il offre une interface simple et intuitive pour gérer ses tâches et ses projets.

ArbocartoR est une interface utilisateur développée par Cirad dans le cadre du projet H2020 MOOD. Cet outil permet de simuler et d'explorer les dynamiques de populations de moustiques Aedes (albopictus et aegypti) dans différents environnements et la dynamique de transmission de trois arbovirus : dengue, zika, chikungunya. Il fournit également des indicateurs clés pour soutenir le processus décisionnel dans la mise en œuvre de la surveillance et du contrôle.

Ce package R permet de récupérer et d'analyser des statistiques pour des documents sur la plateforme Hal science, un dépôt d'archives ouvertes pour les instituts de recherche français. Il a été conçu pour analyser les publications du portail Management of Diadromous Fish in their Environment, mais il peut être utilisé pour analyser n'importe quel autre portail Hal.

Documentation HTML sur la gestion des données à l'UREP, compilée avec bookdown et hébergée sur GitLab Pages.

Le package R CassiopeeR est un wrapper pour la bibliothèque de calcul JalHyd utilisée dans le logiciel Cassiopee. Il permet de réaliser des calculs pour la conception d'ouvrages de franchissement piscicole et des outils hydrauliques utiles pour l'ingénierie environnementale et agricole.

Collec-science est un logiciel de gestion de collections d'échantillons prélevés sur le terrain. Il permet de gérer les entrées/sorties de stock, de générer des étiquettes avec ou sans QR codes, de gérer des événements pour les objets, de réserver des objets, de lire des QR codes par scanner ou en mode batch, et d'ajouter des photos ou pièces jointes à des objets.

Ce projet vise à fournir des jeux de données simulés pour les expériences de terrain menées dans le cadre du projet SUNRISE. Il permet aux chercheurs en écologie de caractériser des sites expérimentaux et d'analyser des données environnementales.