Ce projet est un plugin destiné à améliorer la conception de plugins pour l'environnement de programmation visuelle CaseInE. Il offre des fonctionnalités de synchronisation avec CaseInE pour le designer, de génération de tests pour les programmes CaseInE et d'intégration avec d'autres outils de développement pour CaseInE.

AlienDiscover est un programme en ligne de commande écrit en Java qui infère rapidement une ou plusieurs séquences d'oligonucléotides exogènes à partir de données de séquençage à haut débit (HTS) en utilisant des lectures d'Illumina. Il s'agit d'une alternative à l'outil Minion du suite Kraken.

BMGE (Block Mapping and Gathering with Entropy) est un programme en ligne de commande écrit en Java qui sélectionne des régions dans une multiple séquence alignment adaptées à l'inférence phylogénétique. Il offre des options simplifiées et des valeurs par défaut modifiées pour prévenir une dégradation excessive du signal phylogénétique global.

Ce projet est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, qui fournit un moteur d'exécution Graal.js. Il permet d'étendre les fonctionnalités du logiciel en utilisant du code JavaScript et de bénéficier de la performance de Graal.js pour l'analyse d'images.

HCAP est un programme en ligne de commande écrit en Java permettant de recadrer les lectures de séquençage à haut débit en observant une composition homogène des bases sur l'ensemble des positions. Bien que cette étape de prétraitement ne soit généralement pas requise, HCAP a été développé pour gérer les compositions inattendument biaisées qui peuvent être parfois observées aux extrémités 5' et/ou 3' (voir par exemple ici).

Outil de surveillance et de journalisation pour les modèles de systèmes exécutés sur GraalVM. Prend en charge l'importation de packages MoniLog, de fichiers de langages de programmation externes et la déclaration d'événements personnalisés. Permet de définir des moniloggers avec des conditions et des actions spécifiques, y compris l'exécution d'expressions de langage et l'appel d'appenders pour l'impression sur la console ou dans des fichiers.

Intégration de MoniLog dans NabLab pour l'analyse et la simulation de codes numériques sur GraalVM.

REQ est un programme en ligne de commande écrit en Java qui évalue le taux d'élémentaires quartets (REQ) pour chaque branche interne d'un arbre phylogénétique non enraciné à partir d'une matrice de distances. Il est utilisé pour l'analyse de données biologiques et la reconstruction d'arbres phylogénétiques.

Le package SAM2MSA est un ensemble d'outils en ligne de commande écrits en Java pour construire des alignements multiples (MSA) à partir de lectures alignées au format SAM. Les outils SAM2MSA sont spécifiquement conçus pour faciliter la construction rapide de MSA adaptées à l'inférence phylogénétique.

Le projet studio-execution-truffle est une bibliothèque logicielle dédiée au support d'exécution des langages basés sur Truffle dans l'environnement GEMOC studio.