LPY est une implémentation open source des systèmes de Lindenmayer (L-systems) en Python. Il permet de générer des fractales et de modéliser des structures végétales ou d'autres formes géométriques complexes.

PlantGL est un outil open-source permettant la création, la simulation et l'analyse de représentations 3D de plantes.

OpenAlea est une plateforme de développement pour la modélisation et la simulation de systèmes biologiques. Elle propose des outils pour l'analyse de données expérimentales et permet la création de workflows personnalisés.

Phenomenal est une bibliothèque logicielle open source automatisée pour la reconstruction et l'analyse 3D des systèmes de tiges de plantes à partir d'images pour la phénotypage végétal basé sur l'image. Il est conçu pour être entièrement automatisé, flexible et adapté à une large gamme d'espèces végétales.

Hydroshoot est un projet dédié à la simulation d'architecture hydraulique en 3D, offrant une représentation visuelle et technique des systèmes hydrauliques.

Le package Strawberry est un outil pour l'analyse d'architecture et la reconstruction 2D/3D de fraisiers, contenant des fonctionnalités d'importation de fichiers, de définition de formes géométriques, de visualisation 2D et 3D, et d'extraction de données.

Le projet mtg fournit une structure de données innovante pour la représentation et l'analyse de données multiniveaux et de réseaux complexes. Il permet une optimisation efficace des requêtes de données et offre des interfaces flexibles pour une intégration facile dans divers systèmes.

PhenoTrack3D est un pipeline automatisé de phénotypage à haut débit permettant de suivre la croissance des organes des plantes de maïs dans une série temporelle de reconstructions 3D. Ces reconstructions 3D peuvent être obtenues à partir d'ensembles d'images RGB avec le pipeline Phenomenal.

Cette bibliothèque d'imagerie permet la détection et le suivi de la position des oreilles sur les plants de maïs, facilitant ainsi l'analyse de leur croissance et l'aide à la prise de décision pour l'entretien des cultures.

Ce projet implémente le modèle d'arbre publié par Weber & Penn, offrant une représentation visuelle et structurée de données complexes, facilitant ainsi leur analyse et compréhension.