Ce projet vise à collecter et à assembler des génomes de différentes espèces à partir de données NGS. Il utilise différents assembleurs et méthodes pour comparer les résultats et optimiser les paramètres d'assemblage. Le projet comprend également des outils pour évaluer la qualité des assemblages génomiques.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Ce workflow utilise Snakemake pour assembler des génomes d'Enterococcus cecorum à partir de données de séquençage brutes et de références publiées. Il produit des rapports d'assemblage, d'annotation et d'évaluation de la qualité des génomes.

Quast est un outil d'analyse de l'assemblage de génomes, permettant d'évaluer la qualité et la précision des assemblages, de détecter les variations génétiques et de comparer différentes souches bactériennes.