celia

Notoriété 10 %

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

Dépôt de code

https://github.com/ifremer-bioinformatics/celia (nouvelle fenêtre)2 étoiles

Cas d'utilisation métiers

Évaluation de la qualité de l'assemblage avec BUSCO et la couverture de mapping (Bowtie2 + MoseDepth)
Contrôle qualité des données avec FastQC et MultiQC
Recherche de contaminants (vecteurs, adaptateurs ou PhiX) avec la base de données NCBI UniVec et un script Python développé par SeBiMER
Assemblage de génomes de procaryotes à partir de données Illumina

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Espace
    - Établissements publics sous tutelle - Ministère chargé de l'Enseignement supérieur
      - Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (organisation rattachée)

Outil utilisé

Docker

Description générée le mardi 19 mars 2024 à 17:07:42

D'autres initiatives de la même organisation

Ifremer
ifremer.fr
omics-catalog
github.com/ifremer-bioinformatics/omics-catalog
ToolDirectory
github.com/ifremer-bioinformatics/ToolDirectory
SAMBA
github.com/ifremer-bioinformatics/samba