L’Ifremer est un institut public français dédié à la recherche, l’innovation et l’expertise en sciences marines. Il œuvre pour protéger et restaurer les écosystèmes océaniques, exploiter durablement les ressources marines, et partager les connaissances et données sur l’océan. L’institut contribue également à l’appui aux politiques publiques et à la médiation scientifique pour sensibiliser la société aux enjeux océaniques.

OMICS-CATALOG est un outil basé sur un pipeline Nextflow qui implémente une session de navigateur de génomes pour visualiser les données omiques et met en place un catalogue interactif de génomes basé sur l'outil de visualisation de données Keshif. Le catalogue fournit la liste des organismes modèles disponibles, ainsi que les métadonnées telles que la lignée, la version du génome, le soumetteur, etc. Pour visualiser les données omiques des organismes modèles, le catalogue donne accès à la session du navigateur de génomes, qui est implémentée en utilisant le visualiseur JBrowse2.

ToolDirectory est un outil permettant d'afficher de manière conviviale une liste de logiciels dans une page web, avec des capacités de filtrage de données dynamiques. Il utilise le visualiseur Katalog pour l'affichage web, qui nécessite simplement un fichier '.csv' contenant les métadonnées des logiciels à utiliser pour la visualisation.

SAMBA est un workflow FAIR et évolutif qui intègre des méthodes bioinformatiques et statistiques de pointe pour la réalisation d'analyses reproductibles d'eDNA à l'aide de Nextflow. Le workflow vérifie l'intégrité des lectures brutes et des métadonnées, effectue toutes les étapes de bioinformatique à l'aide de procédures couramment utilisées (QIIME 2 et DADA2) et ajoute de nouvelles étapes utilisant dbOTU3 et microDecon pour créer des tableaux de compte ASV de haute qualité. Des analyses statistiques étendues sont également effectuées. Enfin, SAMBA produit un rapport HTML complet et dynamique incluant les ressources utilisées, les commandes exécutées, les résultats intermédiaires, les analyses statistiques et les figures.

CELIA est un workflow bioinformatique utilisé pour automatiser les assemblages de génomes de procaryotes à partir de données Illumina. Il permet de faire un contrôle qualité des données, d'assembler le génome, de rechercher des contaminants, d'évaluer la qualité de l'assemblage, de faire une annotation structurale et de rechercher des antibiotiques et des métabolites secondaires.

PALLOR est un workflow bioinformatique permettant de créer rapidement des arbres phylogénétiques à partir de génomes annotés ou non annotés. Il peut être utile pour les projets d'assemblage de génomes après l'obtention de l'assemblage brut mais avant le processus d'annotation structurale.

FLORA est un workflow FAIR et évolutif permettant l'analyse de données RNAseq du projet AMOCYST en utilisant des outils et des méthodes statistiques de pointe en transcriptomique pour effectuer des analyses reproductibles avec Nextflow. Le workflow commence par le traitement des lectures RNAseq brutes en utilisant Rcorrector pour la correction. Ensuite, les lectures non corrigées sont supprimées à l'aide d'un script Python. La contamination rRNA est également supprimée en utilisant Bowtie2 et la base de données SILVA avant un processus de filtrage de la qualité des lectures en utilisant Trim Galore. Enfin, l'assemblage du transcriptome est effectué en utilisant Trinity.

BeeDeeM-Tools est un outil d'analyse et d'indexation de données biologiques. Il permet la recherche et la comparaison de séquences d'ADN, ainsi que la gestion et l'organisation de ces données.

Ce projet fournit un cadre de scripts conçu à l'origine pour exécuter des benchmarks de BLAST et PLAST sur une infrastructure informatique de cluster. Les scripts sont adaptés pour fonctionner avec le système de planification des tâches PBS pro 14.2.4, BLAST 2.2.31 et 2.6.0, et PLAST 2.3.2. Ils ont été utilisés pour évaluer la configuration optimale (coeurs, RAM et walltime) pour l'exécution de tâches de comparaison de séquences (utilisant BLAST ou PLAST) sur le superordinateur DATARMOR d'IFREMER.

Le site web ifremer-bioinformatics.github.io est la plateforme dédiée à la présentation des ressources et projets de SeBiMER dans le domaine de la bio-informatique. Il offre un accès à des actualités et informations sur les dernières avancées dans ce domaine.