PALLOR

Notoriété 10 %

PALLOR est un workflow bioinformatique permettant de créer rapidement des arbres phylogénétiques à partir de génomes annotés ou non annotés. Il peut être utile pour les projets d'assemblage de génomes après l'obtention de l'assemblage brut mais avant le processus d'annotation structurale.

Dépôt de code

https://github.com/ifremer-bioinformatics/pallor (nouvelle fenêtre)2 étoiles

Cas d'utilisation métiers

Extraction de gènes monocopies uniques à partir de génomes
Analyse de la composition des génomes à l'aide de BUSCO
Construction de phylogénies à partir de génomes annotés ou non annotés
Génération d'alignements multiples de gènes monocopies uniques

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Espace
    - Établissements publics sous tutelle - Ministère chargé de l'Enseignement supérieur
      - Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (organisation rattachée)

Outil utilisé

Docker

Description générée le mardi 19 mars 2024 à 14:36:37

D'autres initiatives de la même organisation

Ifremer
ifremer.fr
omics-catalog
github.com/ifremer-bioinformatics/omics-catalog
ToolDirectory
github.com/ifremer-bioinformatics/ToolDirectory
SAMBA
github.com/ifremer-bioinformatics/samba