BLAST-PLAST-bench

Ce projet fournit un cadre de scripts conçu à l'origine pour exécuter des benchmarks de BLAST et PLAST sur une infrastructure informatique de cluster. Les scripts sont adaptés pour fonctionner avec le système de planification des tâches PBS pro 14.2.4, BLAST 2.2.31 et 2.6.0, et PLAST 2.3.2. Ils ont été utilisés pour évaluer la configuration optimale (coeurs, RAM et walltime) pour l'exécution de tâches de comparaison de séquences (utilisant BLAST ou PLAST) sur le superordinateur DATARMOR d'IFREMER.

Dépôt de code

https://github.com/ifremer-bioinformatics/BLAST-PLAST-bench (nouvelle fenêtre)

Cas d'utilisation métiers

Optimisation de la configuration de séquençage pour BLAST et PLAST
Exécution de comparaisons de séquences bancaires sur un cluster informatique

Organisation

Administration centrale
- Gouvernement (Premier ministre et ministères)
  - Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Espace
    - Établissements publics sous tutelle - Ministère chargé de l'Enseignement supérieur
      - Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (organisation rattachée)

Description générée le mardi 19 mars 2024 à 16:58:13

D'autres initiatives de la même organisation

Ifremer
ifremer.fr
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github.com/ifremer-bioinformatics/omics-catalog
ToolDirectory
github.com/ifremer-bioinformatics/ToolDirectory
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github.com/ifremer-bioinformatics/samba