Minimap2 est un programme d'alignement de séquences polyvalent qui aligne des séquences ADN ou ARN contre une grande base de données de référence. Les cas d'utilisation typiques incluent : (1) la cartographie de lectures PacBio ou Oxford Nanopore sur le génome humain ; (2) la recherche d'overlaps entre lectures longues avec un taux d'erreur allant jusqu'à ~15% ; (3) l'alignement de lectures PacBio Iso-Seq ou Nanopore cDNA ou Direct RNA de manière sensible aux splice contre un génome de référence ; (4) l'alignement de lectures Illumina simples ou appariées ; (5) l'alignement d'assemblages entre eux ; (6) l'alignement de génomes entiers entre deux espèces étroitement apparentées avec une divergence inférieure à ~15%.

Bowtie 2 est un outil ultra-rapide et économe en mémoire pour l'alignement de séquences de lecture sur de longues séquences de référence. Il est particulièrement adapté à l'alignement de lectures d'environ 50 caractères jusqu'à des centaines ou des milliers de caractères, et est particulièrement adapté à l'alignement sur des génomes relativement longs (par exemple, mammifères).