Bowtie 2 est un outil ultra-rapide et économe en mémoire pour l'alignement de séquences de lecture sur de longues séquences de référence. Il est particulièrement adapté à l'alignement de lectures d'environ 50 caractères jusqu'à des centaines ou des milliers de caractères, et est particulièrement adapté à l'alignement sur des génomes relativement longs (par exemple, mammifères).