Bibliothèque open source dédiée à l'analyse de données médicales issues de bases de santé comme le SNDS. Elle permet de manipuler, croiser et analyser des cohortes de patients à partir de données structurées (parquet). Utilisée pour des études épidémiologiques, le suivi de populations exposées à des traitements ou des maladies, et la génération de statistiques descriptives. Développée en partenariat avec l'École Polytechnique et la CNAM.

Outil dédié à l'analyse et à la détection de virus à ARN, notamment les coronavirus, en utilisant des pipelines bioinformatiques automatisés. Il permet de traiter des séquences génomiques pour identifier des régions spécifiques et contribuer à la recherche virologique et épidémiologique.

Starphylo est un pipeline bioinformatique conçu pour analyser des séquences génomiques de virus et estimer des paramètres épidémiologiques clés comme le taux de reproduction (R0) ou le taux de retrait des individus infectés. Il permet d'étudier des virus comme le SARS-CoV-2, la grippe ou le VRS, en combinant des approches bayésiennes, de maximum de vraisemblance et d'apprentissage profond pour fournir des analyses robustes et adaptées aux besoins de surveillance épidémiologique.

Projet visant à valider et améliorer un algorithme d'identification des poussées de sclérose en plaques (SEP) à partir des données médico-administratives du Système National des Données de Santé (SNDS). Développé en collaboration avec des épidémiologistes, neurologues et plateformes de recherche, il permet de détecter et analyser les poussées de SEP via des critères combinant hospitalisations et délivrances de corticoïdes, afin d'optimiser les outils de suivi clinique et épidémiologique.

Plateforme open-source dédiée à l'analyse et à la visualisation de données de santé, ehden-bordeaux-atlas permet aux professionnels de santé, aux chercheurs et aux décideurs de réaliser des études épidémiologiques, d'effectuer une recherche clinique et de visualiser des données médicales. Construite sur les technologies OHDSI, elle offre des fonctionnalités avancées de gestion et d'analyse de données, ainsi qu'une interface utilisateur intuitive et personnalisable.

Epid Data Explorer est une application web permettant la visualisation et l'analyse de données épidémiologiques géolocalisées et temporelles. Il est composé d'une interface utilisateur et d'un magasin de données, qui communiquent entre eux pour fournir une expérience d'exploration et d'analyse des données.

Plateforme permettant d'interroger et d'analyser des données médicales structurées au format FHIR. Elle permet de créer des cohortes de patients en fonction de critères cliniques complexes, de compter les patients répondant à ces critères, ou d'identifier les changements entre cohortes. Utilisée pour des études épidémiologiques, des recherches cliniques ou des analyses de santé publique.

Ce projet est une initiative de recherche médicale menée dans la région de Madang en Papouasie-Nouvelle-Guinée. Il vise à analyser les données d'une cohorte suivie dans le cadre de l'ICEMR Asie-Pacifique. Les scripts R développés permettent de structurer, extraire et analyser les données collectées via des formulaires d'inclusion, de suivi et de morbidité. L'objectif est de transformer ces données en un format exploitable pour des études épidémiologiques, notamment dans le contexte de la pandémie de COVID-19.

COVflow est un pipeline bioinformatique dédié à l'analyse phylogénétique et phylodynamique des séquences génomiques du SARS-CoV-2. Il permet de filtrer, aligner et masquer les sites des données génomiques, de construire et d'évaluer des arbres phylogénétiques, puis de générer des fichiers XML prêts à l'emploi pour des analyses phylodynamiques avancées avec BEAST2. L'outil facilite l'étude de la dynamique de transmission du virus et l'estimation de paramètres épidémiologiques clés.

Ce projet académique vise à analyser et visualiser les données épidémiologiques liées à la pandémie de COVID-19. Il permet de traiter des fichiers de données, de générer des rapports automatisés et de créer des tableaux de bord interactifs pour faciliter la compréhension des tendances sanitaires. L'objectif est d'aider les acteurs de santé publique à prendre des décisions éclairées grâce à des outils de visualisation et d'analyse.