PanACoTA est un outil logiciel dédié à la génomique comparative bactérienne à grande échelle. Il permet d'analyser des ensembles de génomes complets ou partiels pour effectuer des contrôles qualité, annoter uniformément les génomes, construire des pangénomes, identifier les génomes core ou persistants, aligner les familles de gènes et inférer des arbres phylogénétiques. Destiné aux chercheurs en microbiologie, il facilite l'étude des relations évolutives et fonctionnelles entre souches bactériennes.

Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données génomiques, notamment les variations nucléotidiques (SNPs) et les délétions dans des génomes bactériens. Il permet de comparer des souches, d'identifier des mutations, de générer des cartes génomiques interactives et d'exporter des données pour des analyses approfondies. Utilisé principalement en recherche microbiologique et épidémiologie.

Ce projet fournit des outils bioinformatiques pour identifier et analyser les systèmes de restriction-modification (R-M) dans les génomes procaryotes. Il inclut des profils HMM dédiés aux méthyltransférases et endonucléases, ainsi que des scripts pour automatiser la recherche et l'extraction de ces systèmes à partir de fichiers protéomiques. Ces outils sont essentiels pour la génomique comparative et l'étude des mécanismes de défense bactérienne.

CGprofiler est un logiciel spécialisé dans l'analyse génomique des bactéries par la méthode cgMLST (Core Genome Multilocus Sequence Typing). Il permet d'identifier et de comparer les allèles du génome central d'une souche bactérienne par rapport à une base de données de référence. Le logiciel automatise l'appel des allèles officiels et détecte les nouveaux allèles non répertoriés, facilitant ainsi le suivi épidémiologique et la recherche en microbiologie.

Quast est un outil d'analyse de l'assemblage de génomes, permettant d'évaluer la qualité et la précision des assemblages, de détecter les variations génétiques et de comparer différentes souches bactériennes.

BPM est un logiciel spécialisé dans la recherche exacte de motifs génétiques dans l'ADN. Il permet d'indexer des milliers de motifs génétiques pour les retrouver rapidement dans des génomes complets. L'outil est optimisé pour traiter des génomes bactériens en moins d'une seconde, même avec des centaines de milliers de motifs à rechercher. Il est particulièrement utile pour l'analyse génomique, la détection d'allèles ou la comparaison de séquences.