ROCK est un outil en ligne de commande conçu pour normaliser numériquement les données de séquençage haut débit (HTS). Il permet de réduire et d'homogénéiser la couverture des lectures génomiques en filtrant les séquences redondantes ou de mauvaise qualité. Idéal pour préparer des données avant un assemblage de génome de novo, il améliore l'efficacité et la précision des analyses génomiques en éliminant les artefacts et les contaminations.

Pybamvisual est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données issues de séquençage génomique. Il permet de comparer les performances de différents outils de cartographie de lectures longues en évaluant leur couverture nucléotidique. Les données extraites des fichiers BAM sont transformées pour générer des visualisations précises de la couverture à chaque position de la séquence de référence, facilitant ainsi l'interprétation des résultats.

BAMUtils est une suite d'outils dédiée à l'analyse de données métagénomiques. Elle permet de filtrer des séquences génomiques à partir de fichiers BAM en fonction de critères de qualité et de couverture. Le projet génère également des statistiques précises sur la profondeur et l'étendue de la couverture des échantillons, essentielles pour des études génomiques ou métagénomiques.

DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

PhageTermVirome est un logiciel dédié à l'analyse des génomes de phages et des viromes. Il permet de déterminer les terminaisons génomiques et les modes d'encapsidation des phages à partir de données de séquençage. L'outil calcule des valeurs de couverture pour identifier les terminaisons cohésives, les répétitions terminales directes ou les modes d'encapsidation de type Mu. Il génère des rapports détaillés et des tableaux statistiques pour faciliter l'interprétation des résultats.

RNAsig est un pipeline bioinformatique dédié à l'identification des signatures ARN sur les récepteurs RIG-I-like (RLRs) lors d'infections virales. Basé sur des analyses de séquençage haut débit, il permet de caractériser les ligands ARN spécifiques pour les récepteurs RIG-I, MDA5 et LGP2. L'outil facilite la compréhension des mécanismes de réponse immunitaire innée en comparant des échantillons totaux et enrichis, et génère des visualisations pour interpréter les données de couverture génomique.

CRAW (Counter RNAseq Window) est un outil bioinformatique conçu pour calculer et visualiser la couverture des expériences de séquençage ARN. Il permet d'analyser des données génomiques à partir de fichiers BAM ou WIG, en générant des rapports détaillés et des visualisations graphiques. L'outil facilite l'interprétation des données de séquençage en fournissant des métriques de couverture position par position, adaptées aux besoins de la recherche en biologie moléculaire et génomique.

Ce workflow Snakemake automatise la conversion de fichiers fastq en fichiers VCF pour l'analyse de données génomiques à faible couverture. Il est conçu pour simuler des populations biparentales et a été utilisé dans le cadre du projet ANR RecombinationLandscape. Le pipeline intègre des outils spécialisés pour traiter des données de séquençage NGS et produire des résultats exploitables pour des recherches en génétique.