Ce projet vise à analyser la méthylation de l'ADN chez les poulets stressés en utilisant des données de séquençage de bisulfite. Il comprend des scripts et des pipelines pour le prétraitement des données, la recherche de différences de méthylation entre échantillons et l'analyse de l'expression des gènes.

BiSePSGUI est une application de bureau permettant d'analyser des données de séquençage de bisulfite entier de génome. Il s'agit d'une application Mongodb/express/React/Nodejs bundlée avec webpack et empaquetée dans une application de bureau à l'aide d'Electron. Il exécute un pipeline snakemake localement ou sur des machines distantes via des informations d'identification ssh. Il dépend de git et de Conda pour la gestion des workflows et des dépendances. Il prend en charge l'exécution sur des clusters SLURM.

Ce projet est un workflow Snakemake pour l'analyse de données de séquençage bisulfite. Il implémente l'alignement des séquences, le filtrage des adaptateurs, la génération de rapports de qualité, et l'identification de différences de méthylation entre échantillons.