KisSplice est un outil permettant l'analyse de données de séquençage à haut débit d'ADN. Il permet la reconstruction de génomes à partir de données de séquençage et la détection de variants structuraux dans des génomes. Il est basé sur l'algorithme de recherche d'isomères de sous-graphes et permet une analyse efficace et précise des données de séquençage.

Le Genome Analysis Toolkit (GATK) est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant d'analyser des données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variations. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. Ce dépôt contient une version spécifique de GATK (4.1.4.1) installée dans un environnement Miniconda3 et empaquetée dans un conteneur Singularity.

Le projet seascape_course_cloud est une plateforme d'analyse de données génomiques marines. Il permet aux utilisateurs de traiter et d'analyser des données de séquençage à haut débit pour détecter des structures populationnelles chez les organismes marins et construire des cartes génétiques pour l'étude des paysages.

ChIPflowR est un package R dédié à l'analyse de données de séquençage de génomes, en particulier pour l'identification de pics d'enrichissement dans les données de ChIP-seq. Il s'appuie sur plusieurs packages R tels que DESeq2, limma, knitr, ggplot2, et offre une interface conviviale pour l'analyse et la visualisation des données.

Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

Ce projet fournit un algorithme pour le traitement et l'analyse de données de séquençage génomique, permettant la détection de variantes et l'alignement de séquences. Il offre une solution robuste et efficace pour la gestion de données de séquençage haut débit.

Ensemble de fonctions pour l'analyse et la visualisation de données génomiques. Permet la gestion et l'interprétation de données de séquençage grâce à une collection d'outils spécialisés.

Meteor est un outil d'analyse de données génomiques permettant la gestion et l'analyse de données de séquençage. Il offre la possibilité de générer des rapports détaillés sur les résultats de séquençage.

Filtlong est un outil en développement conçu pour faciliter le filtrage et le tri d'ensembles de données biologiques. Il permet de réduire la complexité des données de séquençage et d'améliorer l'efficacité des analyses de données génomiques.

BiSePSGUI est une application de bureau permettant d'analyser des données de séquençage de bisulfite entier de génome. Il s'agit d'une application Mongodb/express/React/Nodejs bundlée avec webpack et empaquetée dans une application de bureau à l'aide d'Electron. Il exécute un pipeline snakemake localement ou sur des machines distantes via des informations d'identification ssh. Il dépend de git et de Conda pour la gestion des workflows et des dépendances. Il prend en charge l'exécution sur des clusters SLURM.