Getwatchan est un outil open source dédié à l'analyse des trajectoires de simulations moléculaires explicites. Il permet d'identifier et d'isoler les canaux d'eau potentiels au sein de protéines à partir de données de dynamique moléculaire. L'outil génère des visualisations 3D des canaux détectés et facilite l'étude des propriétés structurales des protéines en solution. Il est particulièrement utile pour les chercheurs en biologie structurale et en bioinformatique.

Pizza.py est un ensemble d'outils open source conçu pour le pré-traitement, le post-traitement et l'analyse de données issues de simulations moléculaires, notamment compatibles avec le logiciel LAMMPS. Il permet de manipuler des fichiers d'entrée, de convertir des formats, de générer des visualisations et des animations, ainsi que d'extraire des informations pertinentes à partir des logs et snapshots de simulation. Développé initialement par Sandia National Laboratories, il reste un outil de référence pour les chercheurs et ingénieurs en dynamique moléculaire.

Ce projet propose des outils et pipelines pour extraire et ordonner des barcodes à partir de données de lectures liées (linked reads). Il permet de simuler des graphes moléculaires, de transformer des graphes de barcodes en graphes de cliques locales (LCP), et d'évaluer la qualité des chemins reconstruits pour retrouver l'ordre des molécules. Destiné à la recherche en bioinformatique, il facilite l'analyse de séquences génomiques complexes.

Pastek est un simulateur d'alignements de protéines conçu pour modéliser l'évolution moléculaire. Il permet aux chercheurs en bioinformatique et en biologie évolutive de générer des données synthétiques pour étudier les régimes de sélection naturelle. L'outil facilite l'analyse des pressions évolutives en simulant des scénarios complexes de mutations et de sélection sur des séquences protéiques.

Bibliothèque Python dédiée à la modélisation et à l'ajustement de spectres en équilibre thermodynamique local (LTE). Elle permet aux chercheurs en astrophysique d'analyser des données spectrales, de simuler des raies moléculaires et de comparer des modèles théoriques avec des observations réelles. L'outil s'intègre dans l'écosystème CASSIS, facilitant l'interprétation des spectres issus de milieux interstellaires ou circumstellaires.

Ce projet consiste en un conteneur Singularity avec PALM installé, ainsi que Conda2 pour fournir un environnement gcc 7.5. Il inclut également des bibliothèques Python spécifiques pour la dynamique moléculaire, telles que mpi4py, Cython, numpy, scipy, etc. Il permet de lancer des simulations de dynamique moléculaire, d'analyser les données résultantes et de gérer ces données.

Ce projet permet d'étudier la reconnaissance d'une base uracile inversée dans l'ADN double brin par l'UDG. Il inclut des outils pour évaluer des conformations moléculaires, générer des résultats de docking, et reproduire des mesures expérimentales. Les données et scripts sont utilisés pour des simulations de dynamique moléculaire et des analyses structurales dans le cadre de recherches en biochimie.

Ce projet étudie les mécanismes structuraux impliqués dans le rejet de greffe en analysant les molécules HLA. Il propose une base de données centralisant des données publiques et générées par le projet, ainsi qu'une interface web pour visualiser en 3D les structures et simulations moléculaires de ces molécules. L'objectif est d'aider les chercheurs et cliniciens à mieux comprendre les interactions entre molécules HLA et leur impact sur les greffes.

Ce projet vise à créer une base de données d'images de simulation pour le modèle SPE11B de l'OPM. Il utilise des outils tels que Damaris, OPM flow, HyperQueue et Ascent pour gérer et exécuter des workflows de simulations, et consolider les résultats dans des fichiers tar.gz.

Orthoviewer est un plugin open source intégré au logiciel Icy, dédié à la visualisation et à l'analyse de données 3D en imagerie biologique. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer simultanément des données en trois orientations (XY, YZ, XZ) pour une analyse précise et détaillée. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, ce outil facilite la compréhension des structures cellulaires et moléculaires, soutenant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en biologie.