MassChroQ est un logiciel dédié à l'analyse de données protéomiques issues de la spectrométrie de masse. Il permet la quantification et l'alignement de données massives, offrant ainsi une gestion efficace de ces dernières et une analyse poussée.

I2masschroq est un logiciel dédié à la quantification de protéines et à l'analyse de spectrométrie de masse. Il permet le traitement de données de protéomique et la gestion de données de spectrométrie de masse. Il est distribué sous la licence GNU General Public License.

Ensemble d'outils pour l'analyse des données métaprotéomiques générées par des instruments de spectrométrie de masse de haute throughput. Ces outils permettent de regrouper les abondances de peptides et protéines, exprimées en comptages spectraux, et de les manipuler en groupes de métaprotéines. Les informations obtenues peuvent être représentées à l'aide de fonctions de visualisation multiples pour afficher le paysage métaprotéomique global et différencier les échantillons ou conditions en termes d'abondance de métaprotéines, de niveaux taxonomiques et/ou d'annotation fonctionnelle.