Outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données génomiques, notamment les variations nucléotidiques (SNPs) et les délétions dans des génomes bactériens. Il permet de comparer des souches, d'identifier des mutations, de générer des cartes génomiques interactives et d'exporter des données pour des analyses approfondies. Utilisé principalement en recherche microbiologique et épidémiologie.

FQreport est un outil en ligne de commande conçu pour analyser des fichiers FASTQ issus du séquençage haut débit. Il calcule et génère des statistiques descriptives essentielles comme le nombre de lectures et de bases, la distribution des longueurs de lectures, la fréquence des nucléotides par position, ainsi que les scores de qualité Phred et leurs quartiles. L'outil permet d'évaluer la qualité des données génomiques et d'identifier d'éventuelles erreurs de séquençage, facilitant ainsi l'interprétation des résultats pour les chercheurs en biologie moléculaire.

Outil bioinformatique conçu pour aligner des séquences génomiques ou nucléotidiques entre elles. Il permet de comparer des génomes, d'identifier des variations génétiques ou de reconstruire des transcrits. Utilisé en recherche génomique, il facilite l'analyse des données issues de séquençage haut débit, notamment pour des applications en génétique humaine, en écologie ou en biologie évolutive.

Pybamvisual est un outil dédié à l'analyse et à la visualisation de données issues de séquençage génomique. Il permet de comparer les performances de différents outils de cartographie de lectures longues en évaluant leur couverture nucléotidique. Les données extraites des fichiers BAM sont transformées pour générer des visualisations précises de la couverture à chaque position de la séquence de référence, facilitant ainsi l'interprétation des résultats.

Ce projet académique développe des outils pour le traitement et l'analyse de données génomiques, notamment le filtrage de reads potentiellement issus du SARS-CoV-2 et l'assemblage de génomes viraux. Il propose deux méthodes d'assemblage : une approche naïve et une méthode tenant compte des fréquences des nucléotides. Les résultats sont générés sous forme de fichiers structurés pour une analyse ultérieure en bioinformatique.

EMOTE-tk est une bibliothèque R conçue pour étudier avec précision les extrémités 5' et 3' des ARN à résolution nucléotidique via des données de séquençage ciblé. Elle permet de pré-traiter les lectures FASTQ, d'aligner les séquences sur des références, de générer des tableaux de comptage des extrémités d'ARN, et d'effectuer des analyses en aval comme l'identification de sites de transcription ou l'analyse de signaux périodiques.

Ce projet est un package Python dédié à la recherche de motifs dans des séquences textuelles ou biologiques, notamment des diPWM (di-nucléotides pondérés). Il propose plusieurs méthodes pour identifier des mots valides dans un texte, comme l'utilisation de fenêtres glissantes, l'énumération de mots et la recherche via l'algorithme Aho-Corasick, ou encore des approches basées sur des super-alphabets. Il est particulièrement utile pour l'analyse de données génomiques ou protéomiques.

Ce projet permet d'analyser la spécificité d'une paire de primers en utilisant l'outil ecoPCR pour réaliser une PCR in silico dans une base de données nucléotidique et vérifier l'amplification de séquences spécifiques à une espèce.