MCQR est un package R dédié à l'analyse statistique des données protéomiques. Il propose un ensemble cohérent de fonctions facilitant l'analyse des données issues de la protéomique, sans nécessiter de connaissances approfondies en programmation. Développé par l'équipe PAPPSO, il est conçu pour être accessible aux chercheurs et aux biologistes souhaitant exploiter leurs données de manière efficace et reproductible.

OrthoInspector est une suite logicielle spécialisée dans la détection rapide et performante des relations d'orthologie et d'inparalogie entre espèces. Conçu pour répondre aux défis des données massives en biologie, il permet d'analyser des protéomes de manière efficace et scalable. Le logiciel est accessible via une plateforme en ligne pour explorer librement de grandes bases de données couvrant les domaines des Archaea, Bactéries et Eucaryotes.

Ce projet développe des modèles pour prédire le temps de rétention et l'intensité des pics en protéomique à partir de données de spectrogrammes. L'objectif est de créer un espace latent commun permettant d'encoder des fichiers FASTA et des données de spectres, facilitant ainsi l'analyse et l'interprétation des données protéomiques complexes.

MassChroQ est un logiciel dédié à l'analyse de données protéomiques issues de la spectrométrie de masse. Il permet la quantification et l'alignement de données massives, offrant ainsi une gestion efficace de ces dernières et une analyse poussée.

SpecOMS est un moteur de recherche en modification ouverte dédié à l'analyse de données de protéomique. Il permet d'identifier des modifications inconnues sur des peptides en comparant des spectres expérimentaux à des spectres théoriques issus d'une base de données protéique. L'outil réduit significativement le nombre de correspondances non résolues et offre une interface graphique pour explorer et visualiser les peptides identifiés.

MSAshrink est un outil en ligne de commande conçu pour réduire la taille d'un alignement multiple de séquences (MSA) en supprimant les résidus inutiles (comme les gaps ou caractères inconnus) tout en conservant un maximum de données utiles. Il permet de filtrer les séquences et les colonnes selon des seuils définis, optimisant ainsi l'analyse des données génomiques ou protéomiques. L'outil propose également une méthode pour maximiser le contenu utile des résidus restants.

Le projet cytopheno_omics a pour but d'analyser des données génomiques et multi-omiques pour identifier des biomarqueurs et fournir des insights biologiques. Il permet l'intégration et l'interprétation de différents types de données, telles que les données d'expression génique, de méthylation de l'ADN et de protéomique.

Ce projet est un package Python dédié à la recherche de motifs dans des séquences textuelles ou biologiques, notamment des diPWM (di-nucléotides pondérés). Il propose plusieurs méthodes pour identifier des mots valides dans un texte, comme l'utilisation de fenêtres glissantes, l'énumération de mots et la recherche via l'algorithme Aho-Corasick, ou encore des approches basées sur des super-alphabets. Il est particulièrement utile pour l'analyse de données génomiques ou protéomiques.

Outil logiciel spécialisé dans la fusion et l'analyse de données protéomiques issues de méthodes top-down et bottom-up. Il permet aux chercheurs en biologie et en biochimie de combiner des ensembles de données pour obtenir une vision plus complète des protéines étudiées, facilitant ainsi l'identification et la caractérisation des protéines dans des échantillons biologiques.

I2masschroq est un logiciel dédié à la quantification de protéines et à l'analyse de spectrométrie de masse. Il permet le traitement de données de protéomique et la gestion de données de spectrométrie de masse. Il est distribué sous la licence GNU General Public License.