Ce projet consiste en une collection de notebooks Jupyter, de fichiers R et Python dédiés à l'analyse et à la visualisation des données d'un étude sur les neurones projetant dans le bulbe olfactif de la souris. Le référentiel contient des analyses transcriptomiques standard de neurones projetants, une inférence de réseaux de gènes régulateurs, une analyse de réseaux de gènes régulateurs et une simulation de données unicellulaires à partir de données de séquençage d'ARN en vrac.

RNAflow est un pipeline snakemake dédié à l'analyse transcriptomique standard. Il permet le traitement de données RNA-seq en utilisant différents outils de bioinformatique tels que cutadapt, alienTrimmer, fastqc, sortmeRNA, samtools, bowtie2, bedtools, star, minimap2, kallisto, salmon, subread, deeptools et multiqc.