Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet de comparer des données issues de séquençage haut débit, comme celles obtenues lors d'expériences de conformation chromosomique, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. L'outil génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de résultats exploitables pour la recherche en génomique.

Ce service propose un serveur RStudio accessible via navigateur web, dédié à l'analyse bioinformatique et au calcul statistique. Il permet aux utilisateurs de déployer leur propre instance R avec des packages standards et des outils de visualisation intégrés. L'environnement est personnalisable via des fichiers de configuration ou des dépôts Git, et peut être adapté pour des besoins spécifiques en bioinformatique ou en intelligence artificielle.

Outil dédié à la simplification et à l'analyse des données de séquençage génomique. Il permet de réduire les reads d'un fichier BAM à leur extrémité 5' pour faciliter leur traitement et leur interprétation. Utilisé principalement dans les pipelines d'analyse bioinformatique, il optimise la gestion des données massives issues des technologies de séquençage haut débit.

Outil bioinformatique dédié à l'identification et à l'analyse des intégrons dans le génome des procaryotes. Il permet de traiter des données de séquençage (fichiers FASTQ) pour détecter des cassettes d'intégrons et générer des rapports détaillés incluant des figures et des statistiques. Utilisé principalement dans le cadre de recherches en microbiologie et génétique.

Outil en ligne de commande conçu pour appliquer la liste noire ENCODE à des fichiers BED. Il permet de supprimer les régions génomiques problématiques dans les analyses de séquençage haut débit, notamment pour les expériences ChIP-seq. Le script prend en charge plusieurs génomes de référence (hg19, hg38, mm10) et permet l'utilisation de listes noires personnalisées. Il est optimisé pour une intégration dans des pipelines bioinformatiques et offre des fonctionnalités comme la gestion des fichiers compressés ou l'expansion des marges des régions problématiques.

Outil permettant d'identifier et de valider automatiquement les formats de fichiers utilisés en bioinformatique et génomique. Il analyse des fichiers comme FASTA, GFF3, BED, VCF ou BAM pour en déterminer la structure, détecter les erreurs et fournir des métadonnées essentielles à leur exploitation. Utilisé par les chercheurs et laboratoires pour garantir l'intégrité et la compatibilité des données avant analyse.

Slitherine est un outil bioinformatique conçu pour identifier et analyser les différences significatives entre deux matrices de contact génomique. Il permet aux chercheurs en biologie moléculaire de comparer des données expérimentales, comme celles issues de l'étude de la structure 3D du génome, afin de mettre en évidence des variations entre conditions biologiques. Le projet génère des rapports détaillés, des visualisations graphiques et des fichiers de sortie exploitables pour des analyses approfondies.

Ce projet fournit un workflow automatisé pour préparer des génomes avant l'analyse de données de séquençage haut débit. Il standardise les données génomiques en générant des fichiers de configuration adaptés aux pipelines d'analyse bioinformatique. Le workflow permet d'intégrer des références génomiques spécifiques et de produire des structures de données compatibles avec les outils d'analyse en aval. Il est conçu pour être utilisé dans des environnements de recherche biomédicale, notamment dans des laboratoires spécialisés en génomique.

Ce projet académique développe des outils pour le traitement et l'analyse de données génomiques, notamment le filtrage de reads potentiellement issus du SARS-CoV-2 et l'assemblage de génomes viraux. Il propose deux méthodes d'assemblage : une approche naïve et une méthode tenant compte des fréquences des nucléotides. Les résultats sont générés sous forme de fichiers structurés pour une analyse ultérieure en bioinformatique.

Karyoplot est un package python permettant de dessiner des karyoplots/idéogrammes simples à partir de fichiers de données cytogénétiques conventionnels (tels que .bed, .fasta, .gff, .gtf, .vcf, etc.) sans avoir besoin de manipulations de fichiers préalables. Il est basé sur matplotlib pour le rendu des graphiques et pysam pour l'analyse des formats de fichiers bioinformatiques.