Ce projet a pour but d'analyser des séquences d'ADN afin de détecter les répétitions et les motifs qui s'y trouvent. Il permet de comparer des génomes entre eux et de fournir des informations utiles pour la recherche en génomique.

Pop-Genomics est un projet dédié à l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet de gérer des workflows de génomique et offre des fonctionnalités avancées de visualisation de données.

DeCovA est un outil en ligne de commande écrit en Perl qui permet d'analyser la couverture de séquençage d'ADN et de détecter des variations du nombre de copies (CNV). Il prend en entrée des fichiers BAM et une annotation génomique et produit des graphiques et des fichiers de sortie contenant des informations sur la profondeur de couverture et les CNV.

Genometools est un projet dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet l'identification de variations génétiques et la recherche de motifs dans des séquences d'ADN, offrant ainsi des fonctionnalités clés pour la recherche en génomique.

DeepSTR est un projet d'analyse et de prédiction de l'impact fonctionnel des variations du génome, en particulier les variations répétitives (STR). Il inclut des algorithmes de machine learning et de fouille de données pour détecter des motifs dans les séquences d'ADN et prédire leur impact sur la régulation génique.

Le Genome Analysis Toolkit (GATK) est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant d'analyser des données de séquençage haut débit, avec un accent particulier sur la découverte de variations. Les outils peuvent être utilisés individuellement ou enchaînés dans des workflows complets. Ce dépôt contient une version spécifique de GATK (4.1.4.1) installée dans un environnement Miniconda3 et empaquetée dans un conteneur Singularity.

Ce projet vise à analyser et à comprendre la diversité et l'activité des communautés microbiennes marines à partir de l'étude de génomes bactériens et archéens. Il comprend la reconstruction de réseaux métaboliques, l'étude de la diversité et de l'activité des communautés, ainsi que la modélisation de l'impact des facteurs biotiques sur la structure de ces communautés.

Deeptools est un outil permettant l'analyse et la visualisation de données génomiques. Il permet la détection de régions fonctionnelles dans le génome et l'intégration de données épigénomiques.

Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

Ce projet concerne l'analyse de données génomiques de trois espèces de poissons méditerranéens : mullus surmuletus, diplodus sargus et serranus cabrilla. Il comprend des scripts et des outils pour le filtrage des données SNPs, la description des SNPs sur le génome, le calcul de la distance moyenne entre les SNPs et le comptage des SNPs situés dans ou en dehors des régions codantes et mitochondriales.