Le projet kissplice2refgenome est un outil d'analyse génomique permettant l'analyse de génomes de référence, la détection de variantes génétiques et la cartographie d'assemblages génomiques. Il s'appuie sur des algorithmes avancés pour fournir des résultats précis et fiables.

Ce package est un outil d'aide à la préparation de données pour l'analyse de données génomiques, en particulier pour le formatage des statistiques sommaires de GWAS (Genome-Wide Association Studies) dans le format d'entrée requis par JASS. Il permet de réaligner les statistiques sommaires de GWAS sur une référence panel.

DiscoSnp++ est un outil d'analyse génomique permettant la détection de variations génétiques, telles que les SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) et les indels (insertions et délétions), à partir de jeux de données brutes de lectures. Il ne nécessite pas de génome de référence et peut traiter plusieurs jeux de lectures simultanément.

Hisat est un projet dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet l'alignement de séquences d'ADN sur des génomes de référence et la recherche de variations génétiques. Il est conçu pour être précis, rapide et facile à utiliser.

Ce projet permet l'analyse de transcriptomes par assemblage de génomes, alignment de séquences sur un génome de référence et quantification des transcrits. Il utilise des outils tels que Hisat2, Stringtie et MultiQC pour fournir une analyse complète et détaillée.

Ce projet vise à analyser des SNPs spécifiques liés aux caractères sexuels sur *Palinurus elephas* en utilisant le génome de *Palinurus ornatus* comme référence. Il comprend des scripts bash et R pour télécharger le génome de référence, aligner les séquences sur le génome et filtrer les résultats en fonction de certains critères, puis identifier les gènes situés aux coordonnées d'alignement.

Gatb-rconnector est un outil bio-informatique permettant l'analyse de données génomiques. Il permet la comparaison de séquences d'ADN et l'indexation de génomes de référence, facilitant ainsi la recherche de similarités entre séquences. Cet outil est basé sur une approche probabiliste et permet une utilisation efficace des ressources.

STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) est un logiciel de bioinformatique développé par Alexander Dobin. Il permet l'alignement de transcrits splicés sur un génome de référence, ainsi que l'analyse d'expression génique à partir de données de séquençage. Il est basé sur un conteneur Singularity et est distribué sous licence libre.

Ce pipeline snakemake permet le traitement de données ATAC-seq en vue de l'analyse de régions fonctionnelles dans le génome. Il comprend des étapes de contrôle qualité, d'alignement sur le génome de référence, de filtrage des séquences, d'appel de pics et de visualisation sur le navigateur UCSC.

Ce projet vise à reproduire les résultats de l'article 10.1101/2023.05.27.542554 en utilisant des lectures longues Nanopore pour analyser la transcription d'éléments transposables dans les gonades de *D. melanogaster*. Il fournit des scripts pour aligner les lectures sur le génome de référence, extraire les lectures ambiguës et générer des tableaux supplémentaires.