Plateforme dédiée à l'analyse et à la visualisation de données génomiques et biologiques. Elle permet aux chercheurs de collaborer, d'explorer des réseaux d'opérons et de protéines, et de publier leurs résultats sous forme de visualisations interactives. Intégrée à des outils bioinformatiques, elle facilite la compréhension des interactions moléculaires et la génération de rapports scientifiques.

Projet de recherche en biologie évolutive dédié à l'analyse des protéines SIR2 et SIRim. Il permet d'étudier leur histoire évolutive, leur phylogénie, leur détection dans les génomes, et leur implication dans les systèmes de défense. Des modèles structuraux (AlphaFold2) sont également générés pour certaines protéines eucaryotes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et d'alignements pour des publications scientifiques.

Outil bioinformatique automatisé pour l'analyse de données de séquençage haut débit (CUT&Tag et DAP-Seq). Il permet d'identifier les régions génomiques liées à des protéines spécifiques, d'annoter ces régions, de comparer les profils d'expression entre échantillons et de visualiser les résultats dans des navigateurs génomiques comme IGV. Destiné principalement à la recherche en biologie végétale et génomique fonctionnelle.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

Le projet specifics_ortho_kb est un pipeline Nextflow permettant de créer des fichiers pour une base de données Neo4j à partir de données génomiques de différentes espèces végétales. Il permet d'analyser les génomes, de créer des graphes de données génomiques, d'annoter les gènes et les protéines, et de détecter des familles de gènes et des orthologues.

GRIS est un outil bioinformatique conçu pour calculer des indices de similarité entre ensembles de gènes ou de protéines. Il permet d'évaluer la parenté entre deux jeux de données protéiques en utilisant des méthodes comme le wGRR (weighted Gene Repertoire Relatedness), le coefficient de Sørensen-Dice ou l'indice de Jaccard. Ces calculs reposent sur l'identification de paires de protéines réciproquement les meilleures (BBH) via des analyses de type BLAST. L'outil est particulièrement utile pour comparer des génomes, des prophages ou des ensembles de protéines dans un contexte de recherche génomique ou évolutive.

Application logicielle dédiée aux biologistes pour explorer et analyser des génomes, transcriptomes et banques de protéines. Permet d'appliquer des filtres et transformations sur les séquences biologiques, de sauvegarder les recherches au format FASTA, et de faciliter l'étude des données biologiques complexes.

Outil d'analyse bioinformatique permettant d'aligner des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) pour identifier leurs similarités. Il génère des graphiques et des fichiers de sortie pour visualiser les relations entre séquences, facilitant ainsi la comparaison de génomes ou de protéines. Idéal pour la recherche en biologie moléculaire ou en génomique.

Ce projet permet d'étudier les effets toxiques spécifiques de la protéine dCas9 lorsqu'elle est guidée par des séquences d'ARN guide dans la bactérie Escherichia coli. Les chercheurs ont conçu une bibliothèque de guides ARN ciblant aléatoirement le génome bactérien et analysé leur impact sur la croissance cellulaire après induction. Les résultats révèlent des séquences toxiques inattendues, ouvrant des pistes pour comprendre les mécanismes de toxicité et optimiser les outils CRISPR.

Ce projet vise à analyser et annoter le génome de la souche de levure Zygosaccharomyces bailii CLIB 213, en identifiant les gènes codant des protéines et des pseudogènes, ainsi que les ARN de transfert et de ribosomes.