Sex Detector++ est un outil bioinformatique conçu pour inférer statistiquement les gènes liés au sexe à partir de données RNA/DNA issues de croisements (parents et descendants). Il permet d'analyser des jeux de données génomiques de grande taille sur des machines standard, en améliorant significativement la vitesse et l'efficacité mémoire par rapport à la version originale en Perl. Trois variantes de modèles sont disponibles pour adapter l'analyse aux spécificités des données.

GRIS est un outil bioinformatique conçu pour calculer des indices de similarité entre ensembles de gènes ou de protéines. Il permet d'évaluer la parenté entre deux jeux de données protéiques en utilisant des méthodes comme le wGRR (weighted Gene Repertoire Relatedness), le coefficient de Sørensen-Dice ou l'indice de Jaccard. Ces calculs reposent sur l'identification de paires de protéines réciproquement les meilleures (BBH) via des analyses de type BLAST. L'outil est particulièrement utile pour comparer des génomes, des prophages ou des ensembles de protéines dans un contexte de recherche génomique ou évolutive.

Ce projet fournit des outils et des jeux de données anonymisés pour analyser les comportements des étudiants en génie logiciel à partir de leurs commits. Il inclut des scripts de transformation de logs JSON en fichiers CSV, ainsi que des rapports générés par Process Mining pour visualiser les indicateurs comportementaux. Les données et analyses sont destinées à la recherche académique.

Le package ViSEAGO est un outil développé en R pour faciliter l'analyse fonctionnelle des gènes en utilisant Gene Ontology (GO). Il permet l'analyse de grands jeux de données et la visualisation des profils GO pour capturer les connaissances biologiques. Il offre une vue synthétique et détaillée en utilisant des fonctionnalités interactives tout en respectant la structure de l'arborescence GO.

SingR est une application de bureau conçue pour faciliter l'analyse et la visualisation de données de séquençage ARN à cellule unique (scRNA-seq). Elle permet aux chercheurs, même sans compétences en programmation, d'explorer des jeux de données, de vérifier les contrôles qualité, de visualiser les clusters cellulaires, d'identifier les gènes différentiels et d'analyser les voies biologiques enrichies. L'outil propose des interfaces intuitives pour générer des graphiques personnalisables et téléchargeables, ainsi que des analyses statistiques intégrées pour interpréter les résultats biologiques.

Ce projet évalue la scalabilité des réseaux LPWAN (Low Power Wide Area Network) dans le contexte des applications de villes intelligentes. Il permet de reproduire les résultats d'une étude scientifique en analysant des jeux de données réels, comme les données de taxis de New York et les capteurs de stationnement de Melbourne. Les outils développés simulent des déploiements de réseaux et génèrent des graphiques pour visualiser les performances et les limites des technologies LPWAN.

Outil d'analyse comparative d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA) permettant aux chercheurs en biologie et en génomique de comparer et visualiser des résultats d'études génomiques. Il facilite l'interprétation des données biologiques en identifiant les voies métaboliques ou fonctionnelles significativement enrichies dans des listes de gènes.

Bibliothèque de fonctions dédiée à la conversion de fichiers structurés (OBO, TSV, etc.) en données au format JSON-Graph. Elle permet de transformer des jeux de données biologiques ou génomiques en graphes pour une visualisation et une analyse simplifiées. Intégrée aux outils de la plateforme codev4graph, elle facilite l'étude des relations entre entités biologiques comme les gènes ou les protéines.

BUSCO est un outil bioinformatique conçu pour évaluer la complétude des assemblages génomiques, des jeux de gènes ou des transcriptomes. Il utilise des orthologues conservés pour fournir une mesure quantitative de la qualité des données génomiques, aidant ainsi les chercheurs à identifier les lacunes dans leurs séquences et à améliorer la fiabilité de leurs analyses biologiques.

Outil d'analyse comparative d'enrichissement de jeux de gènes (GSEA) permettant aux chercheurs en biologie et bioinformatique de comparer des résultats d'analyses transcriptomiques. Il facilite l'interprétation biologique des données en identifiant les voies métaboliques ou fonctionnelles significativement enrichies dans des listes de gènes. L'application Shiny offre une interface interactive pour visualiser et analyser ces données.