FastQC est un outil d'analyse de données de séquençage haut débit. Il vise à fournir une méthode simple pour effectuer des contrôles qualité sur les données brutes issues de ces pipelines. Il propose un ensemble modulaire d'analyses qui permettent d'obtenir une première impression de la qualité des données et d'identifier rapidement d'éventuels problèmes avant d'entreprendre toute analyse plus poussée.

Cutadapt est un outil bioinformatique permettant de traiter des données de séquençage haut débit en supprimant des adaptateurs spécifiques. Il est utilisé en amont de l'analyse de données de génomique et permet d'améliorer la qualité des données en supprimant les séquences d'adaptateurs indésirables.

Le projet prepare_wgs_data est un outil en ligne de commande permettant de préparer et d'analyser des données de séquençage de l'ARN. Il permet de vérifier la qualité des données en utilisant des outils tels que FastQC et MultiQC, qui génèrent des rapports détaillés.

Ce projet est un workflow Snakemake pour l'analyse de données de séquençage bisulfite. Il implémente l'alignement des séquences, le filtrage des adaptateurs, la génération de rapports de qualité, et l'identification de différences de méthylation entre échantillons.

RNA-Seq-Compagnon est un outil d'analyse et de visualisation de données de séquençage RNA permettant l'analyse quantitative et qualitative des ARNm, ainsi que l'identification des voies de signalisation différentiellement régulées.

Pipeline Hopices Civils de Lyon pour l'analyse régulière de données de séquençage complet de Mycobacterium tuberculosis, comprenant un contrôle qualité étendu, la spoligotypie, l'identification de résistance aux médicaments et la génération automatique de rapports finaux.

Le pipeline RNASeq est un outil d'analyse de données de séquençage RNA. Il permet de prétraiter les lectures, de vérifier leur qualité, de les mapper sur un génome de référence et de générer une table de comptage de gènes.