MBMA est un outil d'analyse de microbiotes basé sur la cartographie génétique. Il permet d'identifier et de quantifier avec précision les espèces, souches et gènes de résistance présents dans des échantillons métagénomiques. Grâce à une base de données optimisée et des méthodes avancées de comptage et d'appel de variants, MBMA réduit les faux positifs et améliore la sensibilité des analyses. Il propose trois modes de fonctionnement adaptés à différents besoins : cartographie simple, cartographie avec appel de variants, et modes prédéfinis pour les espèces bactériennes ou les gènes de résistance.

Ce projet permet d'identifier et de quantifier les bactéries présentes dans le microbiote de souris issues de la lignée OligoMM12, élevée dans les animaleries de l'Institut Pasteur. Il génère des fichiers de comptage, d'annotation et des visualisations interactives (Krona) pour analyser les proportions relatives des bactéries. Les données sont traitées via un workflow automatisé, disponible sur Galaxy et en ligne de commande, facilitant l'analyse métagénomique pour la recherche biomédicale.