Ce projet permet d'analyser et de visualiser les sites d'hydratation internes des protéines à partir de simulations de dynamique moléculaire. Il génère des cartes de densité des molécules d'eau observées dans une protéine, offrant une compréhension approfondie de son comportement hydrique. Les résultats sont utiles pour la recherche en biologie structurale et en biochimie, notamment pour étudier les interactions protéine-solvant ou identifier des sites fonctionnels critiques.

Outil bioinformatique automatisé pour l'analyse de données de séquençage haut débit (CUT&Tag et DAP-Seq). Il permet d'identifier les régions génomiques liées à des protéines spécifiques, d'annoter ces régions, de comparer les profils d'expression entre échantillons et de visualiser les résultats dans des navigateurs génomiques comme IGV. Destiné principalement à la recherche en biologie végétale et génomique fonctionnelle.

Projet de recherche en biologie évolutive dédié à l'analyse des protéines SIR2 et SIRim. Il permet d'étudier leur histoire évolutive, leur phylogénie, leur détection dans les génomes, et leur implication dans les systèmes de défense. Des modèles structuraux (AlphaFold2) sont également générés pour certaines protéines eucaryotes. Les résultats sont présentés sous forme de figures et d'alignements pour des publications scientifiques.

GRIS est un outil bioinformatique conçu pour calculer des indices de similarité entre ensembles de gènes ou de protéines. Il permet d'évaluer la parenté entre deux jeux de données protéiques en utilisant des méthodes comme le wGRR (weighted Gene Repertoire Relatedness), le coefficient de Sørensen-Dice ou l'indice de Jaccard. Ces calculs reposent sur l'identification de paires de protéines réciproquement les meilleures (BBH) via des analyses de type BLAST. L'outil est particulièrement utile pour comparer des génomes, des prophages ou des ensembles de protéines dans un contexte de recherche génomique ou évolutive.

Biopython est un ensemble d'outils écrits en Python pour la biologie computationnelle. Il permet l'analyse et la manipulation de données biologiques, telles que des séquences d'ADN ou de protéines, et est utilisé dans la recherche en bioinformatique. Le projet fournit également des fonctionnalités pour le développement d'outils dans ce domaine.

Outil d'analyse bioinformatique permettant d'aligner des séquences biologiques (ADN, ARN, protéines) pour identifier leurs similarités. Il génère des graphiques et des fichiers de sortie pour visualiser les relations entre séquences, facilitant ainsi la comparaison de génomes ou de protéines. Idéal pour la recherche en biologie moléculaire ou en génomique.

Outil dédié à l'analyse et au traitement des séquences protéiques pour la recherche en bioinformatique. Permet aux scientifiques et chercheurs d'étudier les structures et fonctions des protéines afin d'accélérer les découvertes biologiques et médicales.

Ce projet permet d'identifier des peptides caractéristiques d'une espèce, d'un genre ou d'une famille à partir d'une liste de peptides. Il génère des résultats sous forme de fichiers structurés, incluant des peptides uniques et des combinaisons uniques, facilitant l'analyse comparative des protéines. L'outil est particulièrement utile pour la recherche en biologie moléculaire et la taxonomie.

Application logicielle dédiée aux biologistes pour explorer et analyser des génomes, transcriptomes et banques de protéines. Permet d'appliquer des filtres et transformations sur les séquences biologiques, de sauvegarder les recherches au format FASTA, et de faciliter l'étude des données biologiques complexes.

BLAST+ est un nouvel ensemble d'outils BLAST qui utilise le kit NCBI C++. Il permet l'analyse de séquences biologiques, la recherche de similarités entre séquences et l'identification de gènes et de protéines.