Service dédié à l'évaluation et au benchmarking de modèles de transcription automatique pour la langue française, utilisé par l'administration publique. Il permet de comparer la qualité de différents modèles (Whisper, Voxtral, Kyutai, Cohere, etc.) sur des fichiers audio de référence, en mesurant des métriques comme le WER (Word Error Rate) et en analysant les erreurs sémantiques via des juges automatisés. Les résultats sont partagés sous forme de rapports publics pour améliorer les services de transcription.

Application web dédiée à l'évaluation et à l'analyse de modèles de transcription automatique (OCR/HTR) comme Kraken. Permet aux chercheurs et professionnels de comparer des textes de référence avec des prédictions générées par des modèles, en fournissant des métriques détaillées (taux d'erreur, précision, etc.) pour mesurer la qualité des transcriptions. Inclut des fonctionnalités de pré-traitement textuel et de visualisation des résultats.

FLORA est un workflow FAIR et évolutif permettant l'analyse de données RNAseq du projet AMOCYST en utilisant des outils et des méthodes statistiques de pointe en transcriptomique pour effectuer des analyses reproductibles avec Nextflow. Le workflow commence par le traitement des lectures RNAseq brutes en utilisant Rcorrector pour la correction. Ensuite, les lectures non corrigées sont supprimées à l'aide d'un script Python. La contamination rRNA est également supprimée en utilisant Bowtie2 et la base de données SILVA avant un processus de filtrage de la qualité des lectures en utilisant Trim Galore. Enfin, l'assemblage du transcriptome est effectué en utilisant Trinity.

Ce workflow automatise l'analyse de données RNA-seq à partir de fichiers bruts FASTQ. Il permet de générer des matrices de comptage de gènes en utilisant différents outils d'alignement (HISAT2, STAR) ou de pseudo-alignement (Salmon, Kallisto). Le pipeline inclut des étapes de contrôle qualité, de trimming des séquences et de quantification, avec des sorties compatibles avec des outils d'analyse transcriptomique comme DIANE. Il est conçu pour comparer les résultats entre plusieurs méthodes et faciliter l'interprétation des données.

BUSCO est un outil bioinformatique conçu pour évaluer la complétude des assemblages génomiques, des jeux de gènes ou des transcriptomes. Il utilise des orthologues conservés pour fournir une mesure quantitative de la qualité des données génomiques, aidant ainsi les chercheurs à identifier les lacunes dans leurs séquences et à améliorer la fiabilité de leurs analyses biologiques.