Ce projet fournit un algorithme pour le traitement et l'analyse de données de séquençage génomique, permettant la détection de variantes et l'alignement de séquences. Il offre une solution robuste et efficace pour la gestion de données de séquençage haut débit.

La plateforme Vidjil est composée de deux parties principales : Vidjil-algo et une application web. Vidjil-algo permet d'extraire des jonctions V(D)J et de les regrouper en clones à partir de données de séquençage à haut débit. L'application web permet la visualisation et l'analyse interactives des clones et de leur suivi dans le temps dans un contexte de suivi de la maladie résiduelle minimale ou d'étude immunologique. Elle peut être liée à une base de données de échantillons, d'expériences et de patients permettant le stockage de données et de métadonnées séquence, l'exécution de logiciels RepSeq et la sauvegarde d'annotations directement depuis l'application web.

PLMdetect est un outil développé depuis 2010 permettant la détection de motifs sur-représentés à une distance spécifique du site de démarrage ou d'arrêt de la transcription dans des séquences d'ADN. Il a été utilisé dans plusieurs études pour l'analyse de régions promotrices de gènes et la recherche de motifs impliqués dans la régulation de la transcription.

Le projet primer_design est un outil d'analyse de séquences mitochondriales permettant la conception de paires de primers spécifiques à une espèce cible pour la détection d'espèces par PCR en environnement. Il permet d'identifier les espèces cibles, d'extraire les séquences mitochondriales, de les aligner et de vérifier la spécificité des paires de primers.

Le projet IlluminaMetabarcodingPipeline est conçu pour traiter des séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq et en découvrir des modèles, permettant ainsi l'analyse de ces séquences et l'identification des espèces biologiques associées. Il est utilisé dans le domaine de la recherche en biodiversité.

DeepSTR est un projet d'analyse et de prédiction de l'impact fonctionnel des variations du génome, en particulier les variations répétitives (STR). Il inclut des algorithmes de machine learning et de fouille de données pour détecter des motifs dans les séquences d'ADN et prédire leur impact sur la régulation génique.

Ce projet est un outil d'analyse de séquences biologiques. Il permet de comparer des séquences et de calculer leur similarité. Cet outil est utile pour la recherche en biologie, la génomique et la bioinformatique.

Dépôt de code source pour l'analyse de gènes 16S utilisant les bibliothèques phyloseq et ACP dans R. Il contient des exemples de scripts pour l'importation et l'analyse de données, ainsi que des données d'exemple au format biom, xlsx, fasta et txt.

Ce projet vise à analyser des séquences génomiques de micro-organismes à l'aide de méthodes de métabarcoding haute fidélité. Il permet d'identifier les taxons bactériens présents dans un échantillon et d'étudier la diversité microbienne. Le projet est basé sur l'utilisation de l'outil FROGS et de méthodes d'analyse statistique.

Beginning_obitools est un projet composé d'une collection de commandes Python conçues pour analyser les données eDNA métabarcoding à l'aide de séquenceurs Illumina. Il suit le tutoriel d'OBITools et permet de créer des paires de lectures, d'effectuer un filtrage, de démultiplexer les séquences et de les dédoublonner.