Ce projet est un outil d'analyse de séquences biologiques. Il permet de comparer des séquences et de calculer leur similarité. Cet outil est utile pour la recherche en biologie, la génomique et la bioinformatique.

Le projet IlluminaMetabarcodingPipeline est conçu pour traiter des séquences issues de séquençage à très haut débit Illumina MySeq et en découvrir des modèles, permettant ainsi l'analyse de ces séquences et l'identification des espèces biologiques associées. Il est utilisé dans le domaine de la recherche en biodiversité.

Plugin Icy pour l'analyse d'intensité sur des pistes biologiques, développé par des membres ou anciens membres de l'unité BioImage Analysis de l'Institut Pasteur. Il s'agit d'un outil de traitement d'images dédié à la recherche en biologie, permettant le suivi de particules dans des séquences d'images.

BioAutoMATED est une plateforme d'apprentissage automatique (AutoML) dédiée à l'analyse de séquences biologiques. Elle intègre plusieurs méthodes AutoML dans un cadre unifié, offrant aux utilisateurs des techniques pertinentes pour l'analyse, l'interprétation et la conception de séquences biologiques. BioAutoMATED permet de prédire la régulation des gènes, les interactions peptide-médicament et l'annotation des glycanes avec une performance comparable à celle de modèles manuellement ajustés, mettant en évidence les caractéristiques séquentielles saillantes. En automatisant la modélisation des séquences, BioAutoMATED permet aux scientifiques de la vie de plus facilement intégrer l'apprentissage machine dans leur travail.

Seqtk est un outil léger et rapide pour le traitement de séquences biologiques au format FASTA ou FASTQ. Il prend en charge la lecture des deux formats de fichiers, qui peuvent être compressés avec gzip. Il est utilisé dans l'analyse de données biologiques, telles que l'alignement de séquences, le filtrage de données, etc.

Le projet sra-tools est un ensemble d'outils en ligne de commande permettant l'analyse et le traitement de données de séquençage à haut débit. Il inclut le SRA Toolkit et le SDK de NCBI, et permet la gestion et la manipulation de données du SRA (Sequence Read Archive). Ce projet est utilisé dans la recherche en biologie des séquences.

Biopython est un ensemble d'outils écrits en Python pour la biologie computationnelle. Il permet l'analyse et la manipulation de données biologiques, telles que des séquences d'ADN ou de protéines, et est utilisé dans la recherche en bioinformatique. Le projet fournit également des fonctionnalités pour le développement d'outils dans ce domaine.

Sibelia est un outil en développement pour l'analyse de données biologiques, en particulier pour l'identification de motifs répétés dans les séquences d'ADN et la construction de réseaux de régulation génique. Il permettra aux chercheurs en biologie de mieux comprendre les mécanismes moléculaires à l'origine du fonctionnement des organismes vivants.

Le plugin Timestamp Overlay est un outil développé pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy. Il permet d'afficher un tampon temporel personnalisable sur une séquence 2D. Ce plugin est utilisé dans le cadre de recherches en biologie pour l'annotation et le suivi temporel d'images biologiques.

Track Painter est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images bio Icy, développé par des membres ou anciens membres de l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet d'afficher les trajectoires disponibles sur une séquence donnée dans des vues 2D et 3D, avec diverses options de visualisation.