Ce projet académique développe des outils pour manipuler des polyèdres en trois dimensions. Il permet de les représenter, les importer et exporter depuis des fichiers au format OBJ, et de les décomposer en composantes connexes pour une analyse structurelle. Les algorithmes implémentés facilitent l'étude des propriétés géométriques et topologiques des modèles 3D, avec une approche modulaire et optimisée pour la gestion dynamique de la mémoire.

Ce projet étudie les mécanismes structuraux impliqués dans le rejet de greffe en analysant les molécules HLA. Il propose une base de données centralisant des données publiques et générées par le projet, ainsi qu'une interface web pour visualiser en 3D les structures et simulations moléculaires de ces molécules. L'objectif est d'aider les chercheurs et cliniciens à mieux comprendre les interactions entre molécules HLA et leur impact sur les greffes.

Module IMP dédié à la modélisation bayésienne multi-échelle des structures macromoléculaires à partir de cartes de densité obtenues par cryo-microscopie électronique. Il permet d'affiner les modèles moléculaires en intégrant des données expérimentales pour améliorer la précision des structures 3D. Utilisé principalement en biologie structurale et en bioinformatique pour l'analyse de complexes macromoléculaires.

S-GCN est un outil spécialisé dans l'analyse et l'évaluation de structures protéiques en 3D modélisées sous forme de graphes moléculaires. Il permet de prédire des scores de qualité pour des modèles de protéines générés par des algorithmes ou des participants à des défis comme CASP. Le projet facilite la comparaison entre modèles et structures réelles, aidant ainsi les chercheurs en biologie structurale à identifier les conformations les plus proches de la réalité.

Ce projet est un plugin pour le logiciel d'analyse d'images biologiques Icy, développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur. Il permet de générer des animations 3D à partir de jeux de données, en utilisant des points de caméra interpolés pour des visualisations dynamiques et précises. Idéal pour les chercheurs en biologie souhaitant illustrer des phénomènes ou des structures en mouvement.

Extension dédiée à la création, l'édition et l'analyse de régions d'intérêt (ROI) en trois dimensions pour l'imagerie biologique. Elle permet aux chercheurs de manipuler des maillages polygonaux (surfaces) et polyédriques (volumes) pour segmenter, analyser et visualiser des structures biologiques complexes dans des images 3D. Intégrée à la plateforme Icy, elle facilite l'extraction de masques binaires et l'export de données pour des analyses quantitatives avancées.

S-GCN est un outil d'intelligence artificielle conçu pour évaluer et prédire la qualité de modèles 3D de protéines. Il utilise des réseaux de convolution graphiques sphériques pour analyser les structures moléculaires et générer des scores de qualité locaux et globaux. Basé sur des données issues de défis comme CASP, il aide les chercheurs en biologie structurale à identifier les modèles les plus fiables et à améliorer la précision des prédictions.

Projet de modélisation moléculaire visant à reconstruire et analyser la structure 3D du récepteur nicotinique a4a5b2 dans différentes conformations (ouvert, fermé, désensibilisé). Basé sur des données expérimentales publiées, ce travail permet de comprendre les mécanismes structuraux des récepteurs nicotiniques, essentiels pour la recherche sur les maladies neurodégénératives et les addictions. Les modèles générés sont validés et optimisés pour des analyses computationnelles ultérieures.

Ce projet encadre la gouvernance collective de la plateforme iTowns, un outil open source dédié à la visualisation et l'analyse de données géospatiales 3D. Il établit les valeurs, les structures communautaires et les processus décisionnels pour garantir la pérennité, la transparence et l'inclusivité du projet. Il définit les rôles des contributeurs, des utilisateurs et des comités de pilotage, tout en assurant une gestion ouverte et collaborative des évolutions techniques et fonctionnelles.

Orthoviewer est un plugin open source intégré au logiciel Icy, dédié à la visualisation et à l'analyse de données 3D en imagerie biologique. Il permet aux chercheurs et scientifiques d'explorer simultanément des données en trois orientations (XY, YZ, XZ) pour une analyse précise et détaillée. Développé par l'unité d'analyse d'images biologiques de l'Institut Pasteur, ce outil facilite la compréhension des structures cellulaires et moléculaires, soutenant ainsi la recherche fondamentale et appliquée en biologie.