Ce module est destiné aux scientifiques souhaitant s'approprier les bases de la statistique descriptive et inférentielle. Il vise une initiation à la résolution de problème par une approche stochastique. Les concepts d'analyse des données, d'estimation et tests, d'analyse de la variance et de régression seront abordés d'un point de vue pratique.

Le package R VarExp fournit des fonctions pour l'estimation de la variance phénotypique expliquée par des effets génétiques, interactionnels ou conjointement par ces deux effets. Ces fonctions sont utiles pour les designs de méta-analyse où la mise en commun des données génétiques individuelles est difficile.

MaxPlot est un outil spécialisé dans l'analyse et la visualisation de données dose-réponse pour des molécules biologiques. Il permet de générer des courbes de réponse avec intervalles de confiance, d'évaluer la distribution des données, de réaliser des tests statistiques (normalité, variance, ANOVA) et de comparer les EC50 (concentration efficace médiane) entre différentes molécules. Les résultats sont présentés sous forme de graphiques et de rapports détaillés pour faciliter l'interprétation des données expérimentales.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de réaliser des projections d'intensité le long des axes X, Y, C, Z et T d'une séquence d'images. Plusieurs algorithmes sont disponibles (moyenne, maximum, médiane, variance, écart-type, somme saturée). L'outil offre également la possibilité de restreindre les calculs à des régions d'intérêt spécifiques, facilitant ainsi l'analyse ciblée de données microscopiques.

Outil polyvalent dédié à l'analyse statistique avancée, notamment pour les modèles ANOVA et les tests de contrastes 2x2. Il permet d'automatiser des analyses de variance (univariées, multivariées, mixtes ou généralisées) et de générer des rapports HTML complets intégrant tableaux, graphiques et analyses résiduelles. Idéal pour les chercheurs et statisticiens souhaitant standardiser et documenter leurs analyses.

Ce plugin pour le logiciel Icy permet d'analyser et visualiser l'évolution de l'intensité lumineuse dans des régions d'intérêt (ROIs) au fil du temps. Il calcule automatiquement des statistiques comme la moyenne, la médiane, la variance ou l'intensité totale pour chaque canal d'image. Les résultats sont affichés dans une interface dédiée et peuvent être exportés vers des fichiers Excel pour une analyse ultérieure. L'outil est particulièrement utile pour étudier des phénomènes biologiques dans des images de microscopie.

EPeak est un workflow snakemake-based pour l'analyse de données ChIP-seq/CUT&RUN/CUT&Tag à partir de fichiers FASTQ bruts. Il permet de streamliner des étapes critiques telles que l'évaluation de la qualité de l'immunoprécipitation à l'aide de la corrélation croisée et la comparaison des réplicats pour les pics étroits et larges. Pour l'analyse différentielle, ePeak fournit des méthodes linéaires et non linéaires pour la normalisation entre échantillons ainsi que des modèles conservateurs et stricts pour l'estimation de la variance et le test de la significativité des différences observées.

Outil d'analyse de covariances conditionnelles entre prédicteurs, permettant de détecter les différences de covariances en contrôlant les effets de moyenne et de variance.

Linmodel est une application shiny en français permettant de faciliter la réalisation de certaines analyses statistiques : régression linéaire, analyse de variance, test de Kruskal-Wallis et test de Friedman.