Ce projet permet d'analyser les variants structurels (inversions, duplications) dans le génome du millet perlé à partir de données génomiques de populations. Il identifie des régions candidates associées à des phénomènes de pseudo-hétérozygotie, compare les structures génétiques entre échantillons cultivés et sauvages, et évalue l'impact de ces variants sur la diversité génétique et l'adaptation des plantes.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et biologistes de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques issues de séquençage haut débit. Utilisé dans les laboratoires de génétique et les centres de recherche, il facilite l'interprétation des variations génétiques pour des applications en médecine personnalisée, en agronomie ou en écologie.

Projet de stage axé sur l'analyse bioinformatique de données de séquençage haut débit (NGS) pour identifier des variants génétiques associés au syndrome du QT long. Le projet inclut le contrôle qualité des données, l'annotation fonctionnelle des variants, la détection de mutations de novo et mendéliennes, ainsi que l'analyse de variants structuraux (CNV). Les résultats sont visualisés et interprétés pour identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la pathologie.

Outil automatisé dédié à l'analyse de données génétiques pour identifier les loci associés à des traits complexes à partir de séquences Pool-Seq. Il permet de traiter des données de séquençage variées (PE, SE, SPET) et d'extraire des variants génétiques pertinents pour des études de cartographie génétique. Le pipeline génère des rapports détaillés et des visualisations pour faciliter l'interprétation des résultats.

BCFtools est un ensemble d'outils spécialisés dans la manipulation et l'analyse des variants génétiques stockés au format VCF (Variant Call Format) ou BCF (Binary Call Format). Il permet aux chercheurs et bioinformaticiens de traiter, filtrer, comparer et extraire des données génomiques pour des études variées, allant de la génétique humaine à l'écologie microbienne. Ce projet facilite l'interprétation des variations génétiques et contribue à des avancées en médecine personnalisée et en biologie évolutive.

Outil automatisé dédié à l'assemblage et à l'analyse de génomes viraux à partir de données de séquençage haut débit. Il permet de nettoyer les lectures, d'effectuer des assemblages en plusieurs rounds, d'appeler les variants génétiques et de générer des statistiques d'assemblage. Utilisé principalement dans le cadre de recherches virologiques et épidémiologiques.

QTLseqr est un projet en cours de développement dédié à l'analyse de données génomiques. Il permet la détection de variants génétiques et la recherche de gènes associés à des maladies. Le projet vise à offrir une solution robuste et fiable pour les chercheurs en génomique.

Outil dédié à l'annotation et au filtrage de variants génétiques (SNV) issus de séquençage génomique complet, spécialement conçu pour les études familiales. Il facilite l'analyse des données génomiques en intégrant des informations spécifiques aux tissus cardiaques et aux populations européennes. Le projet permet d'identifier des variants rares partagés au sein d'une famille, en tenant compte des hypothèses de transmission génétique et des données de contrôle.

Outil dédié à l'analyse et au contrôle qualité des séquences génétiques du SARS-CoV-2. Il permet d'identifier les positions critiques du virus pouvant impacter son épidémiologie, de détecter les variants préoccupants (VOC) et de valider les données de séquençage. Utilisé principalement dans le cadre de la surveillance des mutations du virus par des laboratoires et institutions de santé publique.

Pipeline d'analyse dédié au séquençage d'exomes, permettant de traiter des données de lecture génomique pour identifier et annoter des variants. Il automatise les étapes clés comme l'alignement des séquences, la détection de mutations et l'annotation fonctionnelle, facilitant ainsi l'interprétation des données génomiques pour des applications en recherche médicale ou en génétique clinique.