Plugin pour le logiciel Icy dédié à la génération d'objets aléatoires utiles en analyse d'images biologiques. Il permet de créer des entiers, des nombres décimaux ou des sous-séquences aléatoires, facilitant ainsi la simulation de données et le test d'algorithmes dans un contexte de recherche en imagerie médicale ou biologique.

Ce projet permet d'étudier les effets toxiques spécifiques de la protéine dCas9 lorsqu'elle est guidée par des séquences d'ARN guide dans la bactérie Escherichia coli. Les chercheurs ont conçu une bibliothèque de guides ARN ciblant aléatoirement le génome bactérien et analysé leur impact sur la croissance cellulaire après induction. Les résultats révèlent des séquences toxiques inattendues, ouvrant des pistes pour comprendre les mécanismes de toxicité et optimiser les outils CRISPR.

Plugin pour le logiciel Icy dédié à l'analyse d'images biologiques. Il permet de générer automatiquement plusieurs sous-images (crops) de taille fixe à partir d'une séquence d'images donnée. Utilisé par des chercheurs et biologistes pour extraire des régions d'intérêt aléatoires, facilitant ainsi l'analyse et le traitement automatisé des images microscopiques.

Bibliothèque logicielle dédiée à la modélisation et à l'inférence de modèles graphiques probabilistes. Elle permet de manipuler des densités de probabilité, d'estimer des paramètres à partir de données, de générer des échantillons aléatoires et d'analyser des séquences complexes. Utilisée principalement en statistiques, en apprentissage automatique et en traitement du signal pour résoudre des problèmes d'inférence et de prédiction.

Projet académique dédié à l'analyse et à la visualisation des séquences aléatoires, notamment à travers des notebooks Jupyter interactifs. Il permet d'explorer les concepts de probabilités et de statistiques de manière pédagogique et visuelle, en s'appuyant sur des outils de data science modernes.

Ce projet est un plugin simple pour le logiciel d'analyse d'images icy, permettant d'attribuer des couleurs aléatoires aux ROIs dans des séquences d'images. Il est également disponible pour les protocoles.

Ce projet permet d'identifier les gènes essentiels d'Escherichia coli et les facteurs d'hôte des bactériophages grâce à des criblages CRISPR à l'échelle du génome. Il utilise une bibliothèque d'ARN guides ciblant aléatoirement le génome bactérien et analyse les changements d'abondance des guides par séquençage haut débit. Les résultats sont exploités pour comprendre les mécanismes de résistance aux phages et les fonctions génétiques critiques.